Avaliação do uso eficiente de algoritmos paralelos de filogenia em supercomputadores - Ocaña, Kary; Alves, Joice; Coelho, Micaella; Galheigo, Marcelo; Osthoff, Carla (Anais do Brazilian e-Science Workshop (BreSci), 2018)
Ambientes de processamento de alto desempenho (PAD) são requeridos pela bioinformática, em especial nas áreas de filogenia e evolução de organismos. O presente trabalho apresenta uma análise comportamental da ferramenta de filogenia RAxML em ambientes de PAD. O RAxML implementa paralelismo e distribuição de tarefas pelo uso de threads e bibliotecas MPI. As execuções foram realizadas nos clusters do supercomputador Santos Dumont (SDumont). Os resultados em termos de eficiência evidenciam que o impacto é gerado pela variação da configuração, acoplamento e uso do RAxML e do SDumont. Essa informação permitirá um melhor entendimento e uso eficiente desses ambientes especializados.