Análise comparativa de ferramentas de Montagem e Binning de metagenomas utilizando dados simulados microbianos

  • Rodrigo B. P. R. Pará UFPA
  • Pedro H. D. M. Rocha UFPA
  • Danielle C. C. Couto UFPA
  • Renato R. M. Oliveira UFPA
  • Regiane Kawasaki UFPA

Resumo


Binning consiste em agrupar sequências de DNA de acordo com unidades taxonômicas, muito usado na Metagenômica, campo que estuda o genoma de comunidades de microrganismos. Novas ferramentas são desenvolvidas para pipelines metagenômicos, necessitando que se estabeleçam paradigmas neste tipo de análise através da verificação do desempenho de ferramentas de montagem e binning. Para os testes comparativos deste trabalho foram utilizados conjuntos de dados de 10 e 100 espécies de bactérias, além de 3 softwares montadores: IDBA_UD, Megahit e MetasSPAdes, e 2 softwares de binning: MetaBAT-2.12.1 e MaxBin-2.2.4. Verificou-se que o MetaBAT superou o MaxBin na qualidade dos bins gerados.

Palavras-chave: Bioinformática, Metagenômica, Montagem Metagenômica, Binagem Metagenômica, Dados simulados

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Publicado
24/06/2019
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PARÁ, Rodrigo B. P. R.; ROCHA, Pedro H. D. M.; COUTO, Danielle C. C.; OLIVEIRA, Renato R. M.; KAWASAKI, Regiane . Análise comparativa de ferramentas de Montagem e Binning de metagenomas utilizando dados simulados microbianos. In: BRAZILIAN E-SCIENCE WORKSHOP (BRESCI), 13. , 2019, Belém. Anais do XIII Brazilian e-Science Workshop. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, june 2019 . p. 64-71.