A multi-level approach using deep learning and transfer learning for classifying non-coding RNAs - Costa, Mirele C. S. F.; Ralha, Célia G.; Brigido, Marcelo M.; Carvalho, André C. P. L. F.; Stadler, Peter F.; Walter, Maria Emília M. T. (Anais do Simpósio Brasileiro de Bioinformática (BSB), 2025)
Neste artigo, apresentamos uma nova abordagem para classificar RNAs não-codificadores (ncRNAs), combinando deep learning (DL) com transfer learning (TL) em uma abordagem multinível. No pré-treinamento, DL foi usado com dados de sete classes de ncRNAs, CD-box, HACA-box, scaRNA, miRNA, tRNA, 5S rRNA e 5.8S rRNA. No estudo de caso, TL foi usado para classificar riboswitches. Os dados de treinamento e teste foram cuidadosamente escolhidos, buscando sequências em árvores de espécies para maximizar a diversidade taxonômica. Esta abordagem foi comparada com outros métodos da literatura e os nossos resultados foram melhores para conjuntos de dados pequenos. Além disso, pode ser aplicado a outras classes de ncRNAs.