Um Algoritmo Exato em clusters de GPUs para o Hitting Set Aplicado à Inferência de Redes de Regulação Gênica - dos Santos, Danilo Carastan; Rozante, Luiz Carlos da Silva (Anais do Concurso de Teses e Dissertações da SBC (CTD-SBC), 2016)
Propomos um algoritmo para resolver o problema do Hitting Set (HSP), adequado para aplicações de inferência de GRNs, introduzindo inovações nas estruturas de dados e um mecanismo de ordenação que permite um descarte eficiente de candidatos que não são solução. Foram providas implementações em CPU multi-core e em clusters (homogêneos e heterogêneos) de GPU. Resultados experimentais mostraram que as otimizações ofereceram ganhos de desempenho individuais significativos e alta escalabilidade com o aumento do número de GPUs. A conjunção desses ganhos resultou em speedups acima de 60 para a parte paralela do algoritmo. Publicamos dois artigos: um em congresso (Qualis CC A1) e outro em periódico (Qualis CC A2).