Análise de Desempenho do Algoritmo BLAST de Alinhamento de Sequências Genéticas com OpenMP Executado em Raspberry Pi - Sêmeler, Lucas Freire; Dias, Wanderson Roger Azevedo (Anais da Escola Regional de Alto Desempenho Norte 2 (ERAD-NO2) e Escola Regional de Aprendizado de Máquina e Inteligência Artificial Norte 2 (ERAMIA-NO2), 2025)
O alinhamento de sequências biológicas é uma tarefa fundamental em bioinformática, mas seu custo computacional cresce rapidamente com o aumento dos dados genômicos. Este trabalho apresenta uma análise de desempenho de uma implementação simplificada do algoritmo BLAST, comparando versões sequencial e paralela (com a biblioteca OpenMP), executadas em um Raspberry Pi 5. Foram utilizadas sequências de DNA de 50.000 a 300.000 pares de bases, e os resultados mostraram que a versão paralela obteve ganhos significativos, alcançando um speedup máximo de 3,81x. Esses resultados demonstram que o paralelismo em memória compartilhada é uma estratégia eficiente para acelerar o BLAST, demonstrando o potencial da computação de alto desempenho em plataformas acessíveis de baixo custo.