Análise Computacional de uma Ferramenta de Bioinformática em Arquiteturas de Memória Compartilhada do Santos Dumont Usando Perfilador Intel Vtune - Emidio, Albert; Soares, Reiglan; Cruz, Lucas; Ocaña, Kary; Carvalho, Diego; Osthoff, Carla (Anais da Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sudeste (ERAD-SE), 2024)
O artigo apresenta uma análise do desempenho computacional da etapa de alinhamento mais custosa do workflow Parsl-RNA Seq, utilizando o perfilador Intel VTune no supercomputador Santos Dumont. O objetivo do trabalho é analisar o desempenho computacional do software Bowtie2, responsável pelo alinhamento de sequências que é a que mais demanda recursos computacionais. O Bowtie2 foi executado com suporte da biblioteca Parsl e monitorado pelo VTune, com o objetivo de avaliar sua eficácia e escalabilidade em ambientes de computação de alto desempenho.