Análise de Desempenho e Memória do Programa de Alinhamento Pa-Star no Supercomputador Santos Dumont - Souza, Kelen; Coelho, Micaella; Osthoff, Carla; Ocaña, Kary (Anais da Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sudeste (ERAD-SE), 2024)
Este estudo avaliou o desempenho do programa de bioinformática PA-Star, utilizado para alinhamento múltiplo de sequências, em duas arquiteturas do supercomputador Santos Dumont: o Mesca2, com maior capacidade computacional e de memória, e o nó Intel Xeon Ivy Bridge. As sequências biológicas processadas variaram em tamanho, quantidade e nível de similaridade. Observou-se que o Mesca2 apresentou desempenho superior para arquivos com alta demanda de RAM, enquanto o Intel Xeon Ivy Bridge foi mais eficiente para arquivos com menor demanda. Esses resultados sugerem que o Mesca2 é essencial para o processamento de alinhamentos com elevado consumo de memória RAM no Santos Dumont.