Análise de um Software de Bioinformática em Arquitetura de Memória Compartilhada no Supercomputador Santos Dumont com o Intel VTune - Soares, Reiglan; Emidio, Albert; Cruz, Lucas; Coelho, Micaella; Ocaña, Kary; Carvalho, Diego; Osthoff, Carla (Anais da Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sudeste (ERAD-SE); 2024: Anais da IX Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de JaneiroDO - 10.5753/eradrj.2024.4401, 2024)
O estudo avalia o desempenho do software Bowtie2, amplamente utilizado em tarefas de alinhamento genético e é uma das etapas mais custosas no workflow ParslRNA-Seq. A análise foi realizada nos nós Ivy Bridge e Ivy Bridge (MESCA2), ambos com arquitetura de memória compartilhada. As execuções foram gerenciadas pela biblioteca Parsl e monitoradas pelo perfilador Intel VTune para observar a distribuição e eficiência da tarefa em ambos os nós. Os resultados mostraram que o Ivy Bridge proporcionou uma melhor distribuição de tarefas entre os núcleos, enquanto o Ivy Bridge (MESCA2) apresentou limitações no uso eficiente dos núcleos, resultando em desempenho inferior devido à subutilização dos recursos disponíveis.