Avaliação do paralelismo em classificadores taxonômicos de sequências de rRNA usando Qiime2 - Gaspary, Pedro; Müller, Caetano; Griebler, Dalvan; Eizirik, Eduardo (Anais da Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sul (ERAD-RS); 2023: Anais da XXIII Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sul, 2023)
Classificação de sequências de rRNA é de suma importância para análise de microbiomas. Portanto, este trabalho avaliou o desempenho e eficiência do paralelismo de três algoritmos de classificação taxonômica do Qiime2. Entre eles, o VSearch apresentou a melhor eficiência na paralelização, mas também os maiores tempos de execução. Os outros dois, Naive-Bayes e Hybrid, apresentaram desempenho similar entre si, este sendo mais rápido até o quinto grau de paralelismo, e consumindo pouco menos memória que aquele.