Composição de modelos para a fisiologia: uma proposta de infraestrutura de e-science baseada em ontologias - Matos, Ely Edison; Campos, Fernanda; Braga, Regina; Weber, Rodrigo (Anais do Seminário Integrado de Software e Hardware (SEMISH), 2008)
A quantidade e variedade de informações geradas pelas ciências biológicas têm levado a um uso intenso de modelos na área. Neste contexto, tanto a modelagem matemática quanto a modelagem computacional necessitam de uma descrição acurada que permita que esses modelos sejam compartilhados e simulados como foram formulados por seus criadores. CellML é uma linguagem de marcação que permite a descrição de variáveis, equações e componentes de modelos biológicos, mas é insuficiente para representar a semântica de tais modelos. Nossa pesquisa busca expressar de maneira formal a semântica desses modelos, através do uso de ontologias. Neste artigo, apresentamos a Cell Component Ontology – CelO, uma ontologia expressa em OWL-DL, que captura tanto a estrutura do modelo de uma célula quanto as propriedades dos seus componentes funcionais. A ontologia CelO é utilizada em uma arquitetura orientada a serviços para descrever, realizar inferências e consultar os modelos CellML. O objetivo principal da arquitetura é facilitar o reuso e a composição dos componentes existentes e permitir a validação semântica de novos modelos.