Paralelização da Geração de Constraints Lists em Alinhamentos Múltiplos de Sequências Genéticas - João Jr., Mario; Sena, Alexandre C.; Rebello, Vinod E. F. (Anais do Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD), 2025)
O Alinhamento Múltiplo de Sequências genéticas é uma etapa essencial na resolução de vários problemas da área de Bioinformática. Devido à sua complexidade exponencial, heurísticas são utilizadas. A que obtém os melhores resultados, mas possui o maior custo computacional, é o Alinhamento Baseado em Consistência. Este trabalho apresenta a paralelização da geração da consistência, fase fundamental para esta heurística, determinando qual a melhor política de escalonamento OpenMP a ser utilizada. Os resultados obtidos mostram o excelente desempenho da paralelização proposta, reduzindo o tempo de execução da geração da consistência, para alinhamentos de tamanhos cientificamente relevantes, de mais de 4 horas para menos 9 minutos.