Framework para alinhamento de seqüências biológicas com o auxílio de programação concorrente

  • Gustavo Lermen UNISINOS
  • Daniela Saccol Peranconi UNISINOS
  • Gerson Geraldo H. Cavalheiro UNISINOS

Resumo


Este artigo apresenta um framework para implementação de algoritmos de alinhamento de seqüências biológicas, com o diferencial de oferecer suporte à execução concorrente. O objetivo do trabalho é oferecer recursos computacionais que facilitem a extração de informações estruturais, funcionais e evolucionárias de pares de seqüências de DNA ou proteínas em ambiente de processamento paralelo. A avaliação dos resultados obtidos foi realizada através da implementação de algoritmos que utilizam o método de programação dinâmica e por uma análise de desempenho. O artigo é complementado por uma análise do uso do modelo de programação de Anahy e de seu núcleo executivo.

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Publicado
27/10/2004
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LERMEN, Gustavo; PERANCONI, Daniela Saccol; CAVALHEIRO, Gerson Geraldo H.. Framework para alinhamento de seqüências biológicas com o auxílio de programação concorrente. In: SIMPÓSIO EM SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO DESEMPENHO (SSCAD), 5. , 2004, Foz do Iguaçu. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2004 . p. 121-128. DOI: https://doi.org/10.5753/wscad.2004.19009.