Avaliação de Desempenho de um Workflow Científico para Experimentos de RNA-Seq no Supercomputador Santos Dumont

  • Lucas Cruz LNCC
  • Micaella Coelho LNCC
  • Luiz Gadelha LNCC
  • Kary Ocaña LNCC
  • Carla Osthoff LNCC

Resumo


Experimentos científicos em larga escala são considerados complexos devido à modelagem de suas atividades, execução e análises de grandes volumes de dados. Na bioinformática esses experimentos são modelados como workflows científicos utilizando conceitos de computação de alto desempenho e ciência de dados. Neste artigo apresentamos o workflow ParslRNA-Seq para experimentos de RNA-Seq e análises de desempenho das execuções realizadas no supercomputador Santos Dumont usando dados reais. Os resultados mostram uma melhora no desempenho, quando comparado às execuções realizadas da forma tradicional sem paralelização e via Web, de 3 dias para 11 horas, com reproducibilidade de resultados de dados biológicos sensíveis. A execução multithreading do workflow indica também que a parametrização é dependente do Parsl e da atividade bowtie.

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Publicado
21/10/2020
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CRUZ, Lucas; COELHO, Micaella; GADELHA, Luiz; OCAÑA, Kary; OSTHOFF, Carla. Avaliação de Desempenho de um Workflow Científico para Experimentos de RNA-Seq no Supercomputador Santos Dumont. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA - SIMPÓSIO EM SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO DESEMPENHO (WSCAD), 21. , 2020, Evento Online. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2020 . p. 86-93. DOI: https://doi.org/10.5753/wscad_estendido.2020.14093.