Optimizando Escalonamentos de Alinhamentos Biológicos sob Restrições de Memória
Resumo
Em um trabalho anterior, escalonamentos em pipeline foram demonstrados ser assintoticamente ótimo em termos de makespan enquanto requer o menor consumo de memória para executar um conjunto de alinhamentos biológicos. Em particular, este artigo foca em determinar se makespans menores que aqueles de escalonamentos em pipeline existem para experimentos de tamanho limitado e, se existir, quanto é possível melhorar e a qual custo.Referências
De O. Sandes, E. F., Miranda, G., Martorell, X., Ayguade, E., Teodoro, G., and De Melo, A. C. M. A. (2016). MASA: A multiplatform architecture for sequence aligners with block pruning. ACM Transactions on Parallel Computing, 2(4).
Hwang, J.-J., Chow, Y.-C., Anger, F. D., and Lee, C.-Y. (1989). Scheduling precedence graphs in systems with interprocessor communication times. SIAM Journal on Computing, 18(2):244–257.
Mills, G., Cavalcante, S., Boeres, C., and Rebello, V. (2023). Estimativa de tempo de alinhamentos biológicos na nuvem. In Anais da VIII Escola Regional de Alto Desempenho do Rio de Janeiro, pages 14–16, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Soares, D. M. d. C. (2023). Choosing the right cloud configuration for you and your workload. Master’s thesis, Universidade Federal Fluminense.
Sodré, D., Boeres, C., and Rebello, V. (2022). Making the most of what you pay for by delaying tasks to improve overall cloud instance performance. In Anais Estendidos do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, pages 9–16. SBC.
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Sodré, D., Boeres, C., and Rebello, V. (2022). Making the most of what you pay for by delaying tasks to improve overall cloud instance performance. In Anais Estendidos do XXIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, pages 9–16. SBC.
Publicado
05/11/2024
Como Citar
MILLS, Gabriel C.; BOERES, Cristina; REBELLO, Vinod E. F..
Optimizando Escalonamentos de Alinhamentos Biológicos sob Restrições de Memória. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DO RIO DE JANEIRO (ERAD-RJ), 9. , 2024, Rio de Janeiro/RJ.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2024
.
p. 37-39.
DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2024.4592.
