Análise de Desempenho do PA-Star2 no SDumont e sua Aplicação em um Workflow Científico

• Kelen Souza LNCC / FAETERJ
• Rafael Terra LNCC
• Carla Osthoff LNCC
• Kary Ocaña LNCC
• Hiago Rocha LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/eradse.2025.16942

Resumo

Neste estudo, foi abordado o problema do alinhamento múltiplo de sequências (AMS), limitado pelo pequeno número de sequências de entrada em um software de algoritmo exato para CPUs: o PA-Star. Comparou-se o desempenho das versões PA-Star1 e PA-Star2 (atual) em testes realizados no supercomputador Santos Dumont (SDumont). Os resultados mostraram reduções expressivas no tempo de execução dos alinhamentos na versão mais recente. Portanto, o PA-Star2 foi integrado a um workflow científico, visando ampliar o uso do software. Essa aplicação demonstrou eficácia e contribuiu para uma redução significativa no tempo de processamento ao lidar com conjuntos maiores de sequências.

Referências

Sundfeld, D., Razzolini, C., Teodoro, G., Boukerche, A., and Melo, A. C. M. A. (2018). PA-Star: A disk-assisted parallel a-star strategy with locality-sensitive hash for multiple sequence alignment. Journal of Parallel and Distributed Computing, 112:154–165.

Sundfeld, D., Teodoro, G., and Melo, A. C. M. A. (2025). PA-Star2: Fast optimal multiple sequence alignment for asymmetric multicore processors. In 33rd Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-based Processing (PDP 2025), pages 146–153, Torino, Italy.

Terra, R., Souza, K., Rocha, H., Osthoff, C., Carvalho, D., and Ocana, K. (2025). Workflow para alinhamento exato de sequencias em sistemas de processamento de alto desempenho. In Anais do XXVI Simposio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho (SSCAD 2025), Bonito, MS, Brasil. Sociedade Brasileira de Computação, SBC.