Otimização do espaço de memória das estruturas internas de um contabilizador de frequência de repetição de k-mers
Resumo
Nesse artigo apresentamos o CFRK-MC, um contabilizador da frequência de repetição de k-mers otimizado para ambientes de memória compartilhada baseado no CFRK. O CFRK-MC apresentou uma redução de 11,5x no tempo total de execução em relação à versão original, apresentando também uma redução consistente de ocupação de memória.
Palavras-chave:
Aplicações de Alto Desempenho, Avaliação, Medição e Predição de Desempenho, Sistemas Operacionais
Referências
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Publicado
06/05/2021
Como Citar
FERREIRA, Matheus P.; ISHIKAWA, Fabio T.; VILASBÔAS, Fabricio G.; BIANCHINI, Calebe P..
Otimização do espaço de memória das estruturas internas de um contabilizador de frequência de repetição de k-mers. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DE SÃO PAULO (ERAD-SP), 12. , 2021, Evento Online.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2021
.
p. 17-20.
DOI: https://doi.org/10.5753/eradsp.2021.16695.
