CUDA-Sankoff-Web: Uma ferramenta web para cálculo do alinhamento secundário estrutural ótimo

  • Rodrigo Rocha Gomes IFB
  • Daniel Sundfeld IFB

Resumo

O alinhamento de sequências é uma das operações mais importantes para a Bioinformática. Ao se considerar sequências de RNA, não basta considerar apenas a sequência em si, mas também devem ser consideradas as estruturas formadas por elas. O alinhamento ótimo de sequências possui alta complexidade computacional e pode demorar muito tempo. Recentemente, o CUDA-Sankoff foi proposto para obter o alinhamento ótimo secundário de sequências de RNA em um tempo razoável usando unidades de processamento gráfico (GPUs). No entanto, essa ferramenta não possui uma interface amigável. Neste trabalho, propomos criar um web server que provê uma interface gráfica e facilita a execução da ferramenta CUDA-Sankoff.

Referências

Angiuoli, S. V., Matalka, M., Gussman, A., Galens, K., Vangala, M., Riley, D. R., Arze, C., White, J. R., White, O., and Fricke, W. F. (2011). Clovr: a virtual machine for automated and portable sequence analysis from the desktop using cloud computing. BMC bioinformatics, 12(1):356.

Gorodkin, J. and Ruzzo, W. L. (2014). RNA sequence, structure, and function: computational and Bioinformatic methods. Springer.

Lee, B. D., Timony, M. A., and Ruiz, P. (2019). DNAvisualization.org: a serverless web tool for DNA sequence visualization. Nucleic Acids Research, 47(W1):W20–W25.

Lorenz, R., Bernhart, S. H., Zu Siederdissen, C. H., Tafer, H., Flamm, C., Stadler, P. F., and Hofacker, I. L. (2011). Viennarna package 2.0. Algorithms for molecular biology, 6(1):26.

Mallawaarachchi, V., Wickramarachchi, A., Welivita, A., Perera, I., and Meedeniya, D. (2018). Efficient bioinformatics computations through gpu accelerated web services. In Proceedings of the 2018 2nd International Conference on Algorithms, Computing and Systems, pages 94–98. ACM.

Mount, D. W. (2001). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1st edition.

Smith, T. F., Waterman, M. S., et al. (1981). Identification of common molecular subsequences. Journal of molecular biology, 147(1):195–197.

Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, J. H., Gorodkin, J., and Melo, A. C. (2020). Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities. Concurrency and Computation: Practice and Experience, 32(10):e5468.
Publicado
2021-05-06
Como Citar
GOMES, Rodrigo Rocha; SUNDFELD, Daniel. CUDA-Sankoff-Web: Uma ferramenta web para cálculo do alinhamento secundário estrutural ótimo. Anais da Escola Regional de Alto Desempenho de São Paulo (ERAD-SP), [S.l.], p. 25-28, maio 2021. ISSN 0000-0000. Disponível em: <https://sol.sbc.org.br/index.php/eradsp/article/view/16697>. Acesso em: 18 maio 2024. doi: https://doi.org/10.5753/eradsp.2021.16697.
Seção
Trabalhos de Iniciação Científica