CUDA-Sankoff-Web: Uma ferramenta web para cálculo do alinhamento secundário estrutural ótimo

• Rodrigo Rocha Gomes IFB
• Daniel Sundfeld IFB

DOI: https://doi.org/10.5753/eradsp.2021.16697

Resumo

O alinhamento de sequências é uma das operações mais importantes para a Bioinformática. Ao se considerar sequências de RNA, não basta considerar apenas a sequência em si, mas também devem ser consideradas as estruturas formadas por elas. O alinhamento ótimo de sequências possui alta complexidade computacional e pode demorar muito tempo. Recentemente, o CUDA-Sankoff foi proposto para obter o alinhamento ótimo secundário de sequências de RNA em um tempo razoável usando unidades de processamento gráfico (GPUs). No entanto, essa ferramenta não possui uma interface amigável. Neste trabalho, propomos criar um web server que provê uma interface gráfica e facilita a execução da ferramenta CUDA-Sankoff.

Palavras-chave: Arquiteturas Dedicadas e Específicas (GPUs, FPGAs e outras), Computação de Alto Desempenho

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