Reescrita de código e utilização de Paralelismo de Dados para a busca de Small RNAs (sRNAs)
Resumo
Atualmente os computadores possuem cada vez mais poder de processamento, permitindo que programas antigos tenham que ser readaptados, afim de fazer melhor uso dos recursos do computador. Neste artigo apresentamos a otimização de uma ferramenta que realiza estudos de áreas intergênicas de sRNAs em genomas bacterianos. Para a reescrita do código, foram utilizadas bibliotecas de alto desempenho e otimização manual do código. Os resultados dos tempos de execução superou o esperado ficando 156,8 vezes mais rápido no melhor caso e 108,7 vezes no pior caso. Esses resultados encorajam uma futura adaptação do código para ser executado em GPUs.Referências
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Fujii, Sérgio Yoshimitsu, “Utilização de técnicas de otimização de desempenho em Bioinfotmática: estudo de caso: sRNAscanner” Dissertação de pós-graduação em Bioinformática, Setor de educação profissional e tecnológica, Universidade Federal do Paraná, 88f. Curitiba, 2012.
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Publicado
23/07/2013
Como Citar
ALMEIDA, André G. D.; MACHADO, Edison L. S.; FUJII, Sergio Y.; PACHOLOCK, Julia; STEFFENS, Maria B. R.; OLIVEIRA, Lucas F..
Reescrita de código e utilização de Paralelismo de Dados para a busca de Small RNAs (sRNAs). In: BRAZILIAN E-SCIENCE WORKSHOP (BRESCI), 7. , 2013, Maceió.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2013
.
p. 1896-1903.
ISSN 2763-8774.
