Tratamento e Integração de Metadados Genômicos Mitocondriais em Filogenômica
Resumo
Este artigo apresenta a ferramenta MPCreator, um workflow que permite o controle e automação no tratamento e integração de metadados genômicos para posteriores análises de filogenômica. Apesar de ser um trabalho em andamento, o MPCreator já foi testado e validado por cientistas no que tange ao apoio na capacidade analítica dos metadados. Ele está disponível em https://github.com/gustavoSaboia97/MPCreator e os próximos passos conduzem ao uso de ambientes paralelos e distribuição de tarefas.
Palavras-chave:
Biological Databases, Data Management, Data Integration, and Data Mining, Algorithms for Problems in Computational Biology, Applications in Molecular Biology, Biochemistry, Genetics, Medicine, Microbiology
Referências
Attwood, T. K., Blackford, S., Brazas, M. D., Davies, A. e Schneider, M. V. (2017). A global perspective on evolving bioinformatics and data science training needs. Briefings in Bioinformatics, p. bbx100–bbx100.
Fingert, H. J. (2018). Expanding Role of Data Science and Bioinformatics in Drug Discovery and Development. Clin. Pharmac. & Therap., v. 103, n. 1, p. 47–49.
Navale, V. e Bourne, P. E. (2018). Cloud computing applications for biomedical science: A perspective. PLOS Computational Biology, v. 14, n. 6, p. e1006144.
Rubinoff, D. e Holland, B. S. (2005). Between Two Extremes: Mitochondrial DNA is neither the Panacea nor the Nemesis of Phylogenetic and Taxonomic Inference. Systematic Biology, v. 54, n. 6, p. 952–961.
Wang, Z. e Wu, M. (2015). An integrated phylogenomic approach toward pinpointing the origin of mitochondria. Scientific Reports, v. 5, n. 1.
Wernersson, R. (2005). FeatureExtract - extraction of sequence annotation made easy. Nucleic Acids Research, v. 33, n. Web Server, p. W567–W569.
Yin, Z., Lan, H., Tan, G., et al. (2017). Computing Platforms for Big Biological Data Analytics: Perspectives and Challenges. Comp. Struct. Biotech. J., v. 15, p. 403–411.
Fingert, H. J. (2018). Expanding Role of Data Science and Bioinformatics in Drug Discovery and Development. Clin. Pharmac. & Therap., v. 103, n. 1, p. 47–49.
Navale, V. e Bourne, P. E. (2018). Cloud computing applications for biomedical science: A perspective. PLOS Computational Biology, v. 14, n. 6, p. e1006144.
Rubinoff, D. e Holland, B. S. (2005). Between Two Extremes: Mitochondrial DNA is neither the Panacea nor the Nemesis of Phylogenetic and Taxonomic Inference. Systematic Biology, v. 54, n. 6, p. 952–961.
Wang, Z. e Wu, M. (2015). An integrated phylogenomic approach toward pinpointing the origin of mitochondria. Scientific Reports, v. 5, n. 1.
Wernersson, R. (2005). FeatureExtract - extraction of sequence annotation made easy. Nucleic Acids Research, v. 33, n. Web Server, p. W567–W569.
Yin, Z., Lan, H., Tan, G., et al. (2017). Computing Platforms for Big Biological Data Analytics: Perspectives and Challenges. Comp. Struct. Biotech. J., v. 15, p. 403–411.
Publicado
30/10/2018
Como Citar
SABOIA, Gustavo; DE SOUZA, Jose; DE VASCONCELOS, Ana Teresa; SOARES, André Elias Rodrigues; OCAÑA, Kary.
Tratamento e Integração de Metadados Genômicos Mitocondriais em Filogenômica. In: ARTIGOS CURTOS - SIMPÓSIO BRASILEIRO DE BIOINFORMÁTICA (BSB) , 2018, Niterói.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2018
.
p. 19-24.
DOI: https://doi.org/10.5753/bsb_estendido.2018.8799.
