Análise de Desempenho do Algoritmo BLAST de Alinhamento de Sequências Genéticas com OpenMP Executado em Raspberry Pi
Resumo
O alinhamento de sequências biológicas é uma tarefa fundamental em bioinformática, mas seu custo computacional cresce rapidamente com o aumento dos dados genômicos. Este trabalho apresenta uma análise de desempenho de uma implementação simplificada do algoritmo BLAST, comparando versões sequencial e paralela (com a biblioteca OpenMP), executadas em um Raspberry Pi 5. Foram utilizadas sequências de DNA de 50.000 a 300.000 pares de bases, e os resultados mostraram que a versão paralela obteve ganhos significativos, alcançando um speedup máximo de 3,81x. Esses resultados demonstram que o paralelismo em memória compartilhada é uma estratégia eficiente para acelerar o BLAST, demonstrando o potencial da computação de alto desempenho em plataformas acessíveis de baixo custo.Referências
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Publicado
03/12/2025
Como Citar
SÊMELER, Lucas Freire; DIAS, Wanderson Roger Azevedo.
Análise de Desempenho do Algoritmo BLAST de Alinhamento de Sequências Genéticas com OpenMP Executado em Raspberry Pi. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO NORTE 2 (ERAD-NO2) E ESCOLA REGIONAL DE APRENDIZADO DE MÁQUINA E INTELIGÊNCIA ARTIFICIAL NORTE 2 (ERAMIA-NO2), 5. , 2025, Marabá/PA.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2025
.
p. 9-12.
DOI: https://doi.org/10.5753/erad-eramia-no2.2025.17276.
