Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho
Resumo
O artigo traz discussões sobre a eleição de modificações no formato de execução do workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade computacional, baseado em redução de gastos com operações de E/S com o uso de SSD em relação ao sistema de arquivos paralelos Lustre no supercomputador Santos Dumont.
Palavras-chave:
Workflow científico, Otimização, rna-seq
Referências
Cruz, L., Coelho, M., Gadelha, L., Ocaña, K., and Osthoff, C. (2020). Avaliação de desempenho de um workflow científico para experimentos de rna-seq no supercomputador santos dumont. In Anais Estendidos do XXI Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, pages 86–93, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Cruz, L., Coelho, M., Terra, R., Carvalho, D., Gadelha, L., Osthoff, C., and Ocaña, K. (2021). Workflows científicos de rna-seq em ambientes distribuídos de alto desempenho: Otimização de desempenho e análises de dados de edg. In Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, pages 57–64, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Cruz, L., Coelho, M., Terra, R., Carvalho, D., Gadelha, L., Osthoff, C., and Ocaña, K. (2021). Workflows científicos de rna-seq em ambientes distribuídos de alto desempenho: Otimização de desempenho e análises de dados de edg. In Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, pages 57–64, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Publicado
21/06/2023
Como Citar
CRUZ, Lucas; COELHO, Micaella; GADELHA, Luiz; OSTHOFF, Carla; OCAÑA, Kary.
Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DO RIO DE JANEIRO (ERAD-RJ), 8. , 2023, Rio de Janeiro/RJ.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2023
.
p. 17-19.
DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2023.231720.