Otimizações em um Workflow Científico de Alto Desempenho

• Lucas Cruz Centro Federal de Educação Tecnológica Celso Suckow da Fonseca / Laboratório Nacional de Computação Científica
• Micaella Coelho Laboratório Nacional de Computação Científica
• Luiz Gadelha Laboratório Nacional de Computação Científica
• Carla Osthoff Laboratório Nacional de Computação Científica
• Kary Ocaña Laboratório Nacional de Computação Científica

DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2023.231720

Resumo

O artigo traz discussões sobre a eleição de modificações no formato de execução do workflow ParslRNA-Seq, que levam a melhora do desempenho e escalabilidade computacional, baseado em redução de gastos com operações de E/S com o uso de SSD em relação ao sistema de arquivos paralelos Lustre no supercomputador Santos Dumont.

Palavras-chave: Workflow científico, Otimização, rna-seq

Referências

Cruz, L., Coelho, M., Gadelha, L., Ocaña, K., and Osthoff, C. (2020). Avaliação de desempenho de um workflow científico para experimentos de rna-seq no supercomputador santos dumont. In Anais Estendidos do XXI Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, pages 86–93, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.

Cruz, L., Coelho, M., Terra, R., Carvalho, D., Gadelha, L., Osthoff, C., and Ocaña, K. (2021). Workflows científicos de rna-seq em ambientes distribuídos de alto desempenho: Otimização de desempenho e análises de dados de edg. In Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, pages 57–64, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.