Análise Computacional de uma Ferramenta de Bioinformática em Arquiteturas de Memória Compartilhada do Santos Dumont Usando Perfilador Intel Vtune

• Albert Emidio LNCC / FAETERJ-RJ
• Reiglan Soares LNCC / FAETERJ-RJ
• Lucas Cruz LNCC
• Kary Ocaña LNCC
• Diego Carvalho CEFET
• Carla Osthoff LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2024.4391

Resumo

O artigo apresenta uma análise do desempenho computacional da etapa de alinhamento mais custosa do workflow Parsl-RNA Seq, utilizando o perfilador Intel VTune no supercomputador Santos Dumont. O objetivo do trabalho é analisar o desempenho computacional do software Bowtie2, responsável pelo alinhamento de sequências que é a que mais demanda recursos computacionais. O Bowtie2 foi executado com suporte da biblioteca Parsl e monitorado pelo VTune, com o objetivo de avaliar sua eficácia e escalabilidade em ambientes de computação de alto desempenho.

Referências

L. Cruz et al." Workflows Científicos de RNA-Seq em Ambientes Distribuídos de Alto Desempenho: Otimização de Desempenho e Análises de Dados de Expressão Diferencial de Genes", in Anais do XV Brazilian e-Science Workshop, 2021, pp. 57-64, DOI: 10.5753/bresci.2021.15789