Análise de Desempenho e Memória do Programa de Alinhamento Pa-Star no Supercomputador Santos Dumont

• Kelen Souza LNCC / FAETERJ-RJ
• Micaella Coelho LNCC
• Carla Osthoff LNCC
• Kary Ocaña LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2024.4392

Resumo

Este estudo avaliou o desempenho do programa de bioinformática PA-Star, utilizado para alinhamento múltiplo de sequências, em duas arquiteturas do supercomputador Santos Dumont: o Mesca2, com maior capacidade computacional e de memória, e o nó Intel Xeon Ivy Bridge. As sequências biológicas processadas variaram em tamanho, quantidade e nível de similaridade. Observou-se que o Mesca2 apresentou desempenho superior para arquivos com alta demanda de RAM, enquanto o Intel Xeon Ivy Bridge foi mais eficiente para arquivos com menor demanda. Esses resultados sugerem que o Mesca2 é essencial para o processamento de alinhamentos com elevado consumo de memória RAM no Santos Dumont.

Referências

Chowdhury B, Garai G (2017) A review on multiple sequence alignment from the perspective of genetic algorithm. Genomics 109:419–431. DOI: 10.1016/j.ygeno.2017.06.007

Sundfeld, D. Alinhamento primário e secundário de sequências biológicas em arquiteturas de alto desempenho. 2017, 167 f., il. Tese (Doutorado em Informática). Universidade de Brasília, 2017.

Sundfeld, D; Razzolini, C; Teodoro, G; Boukerche, A; Melo, ACM. PA-Star: A disk-assisted parallel A-Star strategy with locality-sensitive hash for multiple sequence alignment. Journal of Parallel and Distributed Computing, v. 112, p. 154-165, 2018.