Análise de um Software de Bioinformática em Arquitetura de Memória Compartilhada no Supercomputador Santos Dumont com o Intel VTune

• Reiglan Soares LNCC / FAETERJ-RJ
• Albert Emidio LNCC / FAETERJ-RJ
• Lucas Cruz LNCC
• Micaella Coelho LNCC
• Kary Ocaña LNCC
• Diego Carvalho CEFET
• Carla Osthoff LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2024.4401

Resumo

O estudo avalia o desempenho do software Bowtie2, amplamente utilizado em tarefas de alinhamento genético e é uma das etapas mais custosas no workflow ParslRNA-Seq. A análise foi realizada nos nós Ivy Bridge e Ivy Bridge (MESCA2), ambos com arquitetura de memória compartilhada. As execuções foram gerenciadas pela biblioteca Parsl e monitoradas pelo perfilador Intel VTune para observar a distribuição e eficiência da tarefa em ambos os nós. Os resultados mostraram que o Ivy Bridge proporcionou uma melhor distribuição de tarefas entre os núcleos, enquanto o Ivy Bridge (MESCA2) apresentou limitações no uso eficiente dos núcleos, resultando em desempenho inferior devido à subutilização dos recursos disponíveis.

Referências

Cruz, L., Coelho, M., Gadelha, L., Ocana, K., e Osthoff, C. (2020). Avaliação de desempenho de um workflow científico para experimentos de RNA-Seq no supercomputador SDumont. In Anais Estendidos do XXI Simpósio em SCAD, páginas 86–93, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.

Cruz et al. (2021) exploram a otimização de fluxos de trabalho de RNA-Seq em ambiente distribuído de alto desempenho, focando no desempenho e na análise de expressão diferencial de genes. Publicado nos Anais do XV Workshop Brasileiro de e-Ciência, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.