Otimização de desempenho de software para análise filogenética (ExaML) utilizando a arquitetura CUDA

Marcelo Gomes Martins; Timoteo Alberto Peters Lange

Otimização de desempenho de software para análise filogenética (ExaML) utilizando a arquitetura CUDA

Marcelo Gomes Martins
Timoteo Alberto Peters Lange

Resumo

O aumento das bases genéticas de dados e da complexidade das análises filogenéticas requer maior poder computacional: este artigo apresenta o processo de reimplementação das principais funções da aplicação ExaML para a arquitetura CUDA, demonstrando aspectos relevantes no processo de otimização de uma aplicação de alto desempenho para GPU e apresentando bons resultados na manipulação de grandes entradas de dados.

Publicado

06/05/2018

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MARTINS, Marcelo Gomes; LANGE, Timoteo Alberto Peters. Otimização de desempenho de software para análise filogenética (ExaML) utilizando a arquitetura CUDA. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DA REGIÃO SUL (ERAD-RS) , 2018, Porto Alegre. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2018 . ISSN 2595-4164.