Otimização de desempenho de software para análises de diversidade genética utilizando programação paralela
Resumo
A utilização de marcadores moleculares em conjunto com as principais metodologias de diversidade genética permitem inferir o quão próximo determinados organismos se encontram em uma escala evolutiva. No presente trabalho, foram realizadas otimizações de desempenho no cálculo de medidas de distância genética em um pacote do R, amplamente utilizado pela comunidade científica com diferentes formatos de dados. Com uma redução média de 90% no tempo gasto para esses cálculos usando diferentes medidas de diver- sidade, os resultados mostraram grande potencial de otimização em métodos de uma área que se encontra em constante evolução e que tem produzido uma quantidade massiva de dados biológicos.
Palavras-chave:
Algoritmos Paralelos e Distribuídos, Aplicações de Alto Desempenho, em áreas como Agricultura, Biologia, Engenharias, Física, Matemática, Ciência da Computação, Medicina, Mercado Financeiro, Química, Nanociências e outras, Computação de Alto Desempenho
Referências
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Sunnucks, P. (2000). Efficient genetic markers for population biology. Trends in ecology & evolution, 15(5):199–203.
Publicado
12/04/2019
Como Citar
AONO, Alexandre; FAZENDA, Álvaro.
Otimização de desempenho de software para análises de diversidade genética utilizando programação paralela . In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DE SÃO PAULO (ERAD-SP), 10. , 2019, Campinas.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2019
.
p. 5-8.
DOI: https://doi.org/10.5753/eradsp.2019.13584.
