Desenvolvimento do Montador Velvet Usando OpenACC
Resumo
Em bioinformática, existem vários programas disponíveis para análise de sequências de DNA. Esta é geralmente uma tarefa muito demorada, uma vez que essas sequências de DNA podem ser muito longas e complexas. O montador Velvet foi projetado para montar dados de sequenciamento de leitura curta e longa em sequências genômicas mais longas. A última versão do Velvet foi desenvolvida para funcionar com várias threads usando programação paralela com OpenMP. Aqui apresentamos uma nova versão do Velvet que explora multiprocessamento e unidades de processamento gráfico (GPU) por meio de diretivas OpenACC. Nossos testes demonstram que essa extensão do Velvet permite um desempenho mais rápido e uso de memória mais eficiente.
Referências
Chen, S. (2017). Introduction to openacc. Research Computing Services Information Services and Technology Boston University.
Costa, E. B. and Silva, G. P. (2019). Introdução à programação com openacc. In WSCAD 2019 Minicursos ().
Costa, E. B., Silva, G. P., and Teixeira, M. G. (2015). Performance evaluation of parallel genome assemblers. In Proc. of the 7th Int. Conf. on Bioinformatics and Computational Biology (BICOB 2015), volume 1, pages 31-38.
Khan, A. R., Pervez, M. T., Babar, M. E., Naveed, N., and Shoaib, M. (2018). A comprehensive study of de novo genome assemblers: current challenges and future prospective. Evolutionary Bioinformatics, 14:1176934318758650.
Larkin, J. (2018). Introduction to openacc. online] [link] [accessed 15 August 2017].
Mikheenko, A., Prjibelski, A., Saveliev, V., Antipov, D., and Gurevich, A. (2018). Versatile genome assembly evaluation with quast-lg. Bioinformatics, 34(13):i142-i150.
Salzberg, S. L., Phillippy, A. M., Zimin, A., Puiu, D., Magoc, T., Koren, S., Treangen, T. J., Schatz, M. C., Delcher, A. L., Roberts, M., et al. (2012). Gage: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms. Genome research, 22(3):557-567.
Zerbino, D. R. and Birney, E. (2008). Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de bruijn graphs. Genome research, 18(5):821-829.
Costa, E. B. and Silva, G. P. (2019). Introdução à programação com openacc. In WSCAD 2019 Minicursos ().
Costa, E. B., Silva, G. P., and Teixeira, M. G. (2015). Performance evaluation of parallel genome assemblers. In Proc. of the 7th Int. Conf. on Bioinformatics and Computational Biology (BICOB 2015), volume 1, pages 31-38.
Khan, A. R., Pervez, M. T., Babar, M. E., Naveed, N., and Shoaib, M. (2018). A comprehensive study of de novo genome assemblers: current challenges and future prospective. Evolutionary Bioinformatics, 14:1176934318758650.
Larkin, J. (2018). Introduction to openacc. online] [link] [accessed 15 August 2017].
Mikheenko, A., Prjibelski, A., Saveliev, V., Antipov, D., and Gurevich, A. (2018). Versatile genome assembly evaluation with quast-lg. Bioinformatics, 34(13):i142-i150.
Salzberg, S. L., Phillippy, A. M., Zimin, A., Puiu, D., Magoc, T., Koren, S., Treangen, T. J., Schatz, M. C., Delcher, A. L., Roberts, M., et al. (2012). Gage: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms. Genome research, 22(3):557-567.
Zerbino, D. R. and Birney, E. (2008). Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de bruijn graphs. Genome research, 18(5):821-829.
Publicado
19/10/2022
Como Citar
COSTA, Evaldo B.; SILVA, Gabriel P..
Desenvolvimento do Montador Velvet Usando OpenACC. In: SIMPÓSIO EM SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO DESEMPENHO (SSCAD), 23. , 2022, Florianópolis/SC.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2022
.
p. 61-72.
DOI: https://doi.org/10.5753/wscad.2022.226589.
