Desenvolvimento de um Framework de Aprendizado de Máquina no Apoio a Gateways Científicos Verdes, Inteligentes e Eficientes: BioinfoPortal como Caso de Estudo Brasileiro

  • Micaella Coelho LNCC
  • Guilherme Freire LNCC
  • Kary Ocaña LNCC
  • Carla Osthoff LNCC
  • Marcelo Galheigo LNCC
  • André R. Carneiro LNCC
  • Francieli Boito Univ. Bordeaux
  • Philippe Navaux UFRGS
  • Douglas O. Cardoso Instituto Politécnico de Tomar

Resumo


Gateways científicos trazem enormes benefícios para usuários finais, simplificando o acesso e ocultando a complexidade da infraestrutura de computação distribuída subjacente. O gateway científico de bioinformática, BioinfoPortal, por meio do seu middleware CSGrid, usufrui dos recursos heterogêneos do Santos Dumont. No entanto, a submissão de tarefas ainda exige um esforço significativo, no que tange à decisão da melhor configuração que leve a uma execução eficiente. O framework de aprendizado de máquina, em desenvolvimento, ao ser integrado ao gateway, viabilizará essa decisão. No presente trabalho apresentamos um estudo de desempenho com caso de estudo da bioinformática visando analisar o comportamento de variáveis de saída do slurm/sacct dado valores das variáveis de entrada obtidas da configuração de tarefas do SDumont, o que pôde ser realizado pela modelagem deste cenário como uma tarefa de classificação binária. Os nossos resultados indicam ser possível extrair regras e avaliar a influência das variáveis de entrada Bootstrap, Nó e Thread, sendo Bootstrap a mais significativa e aquela com mais peso para o sistema de recomendação de alocação de recursos no BioinfoPortal.

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Publicado
19/10/2022
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COELHO, Micaella et al. Desenvolvimento de um Framework de Aprendizado de Máquina no Apoio a Gateways Científicos Verdes, Inteligentes e Eficientes: BioinfoPortal como Caso de Estudo Brasileiro. In: SIMPÓSIO EM SISTEMAS COMPUTACIONAIS DE ALTO DESEMPENHO (SSCAD), 23. , 2022, Florianópolis/SC. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2022 . p. 205-216. DOI: https://doi.org/10.5753/wscad.2022.226377.