Execução de Workflows Científicos de Bioinformática na Nuvem: Experiências e Desafios
Resumo
O uso de workflows em nuvens de computadores para experimentos de bioinformática em larga escala permite execuções em paralelo e dar apoio à gerência da grande quantidade de dados biológicos. Entretanto, configurar o experimento na nuvem requer um conhecimento do comportamento dos componentes do experimento. Neste artigo apresentam-se as características do perfil de execução de vários workflows de bioinformática para servir de guia sobre o uso, acoplamento e permitir a avalição de benefícios do desenvolvimento desta metodologia de execução na nuvem.
Referências
Ocaña, K., Oliveira, D., Horta, F., Dias, J., Ogasawara, E., Mattoso, M., (2012), Exploring Molecular Evolution Reconstruction Using a Parallel Cloud-based Scientific Workflow. In: Adv. in Bioinformatics and Computational Biology, p. 179–191, Berlin, Heidelberg.
Ocaña, K., Oliveira, D., Dias, J., Ogasawara, E., Mattoso, M., (2011a), Optimizing Phylogenetic Analysis Using SciHmm Cloud-based Scientific Workflow. In: 2011 IEEE 7th Inter. Conference on e-Science, p. 190–197, Stockholm, Sweden.
Ocaña, K., Oliveira, D., Ogasawara, E., Dávila, A., Lima, A., Mattoso, M., (2011b), SciPhy: A Cloud-Based Workflow for Phylogenetic Analysis of Drug Targets in Protozoan Genomes. In: Adv. in Bioinformatics and Computational Biology, p. 66–70, Berlin, Heidelberg.
Oliveira, D., Ocaña, K., Ogasawara, E., Dias, J., Gonçalves, J., Baião, F., Mattoso, M., (2013), Performance evaluation of parallel strategies in public clouds: A study with phylogenomic workflows, Future Generation Computer Systems, v. 29, n. 7, p. 1816–1825.
Oliveira, D., Ogasawara, E., Baião, F., Mattoso, M., (2010), SciCumulus: A Lightweight Cloud Middleware to Explore Many Task Computing Paradigm in Scientific Workflows. In: 3rd Inter. Conference on Cloud Computing, p. 378–385, Washington, DC, USA.