Metodologia para Avaliação de Equipamentos de Computação de Alto Desempenho: Um Estudo de Caso para Bioinformática

• Mariza Ferro LNCC
• Marisa Nicolás LNCC
• Antonio Mury LNCC
• Bruno Schulze LNCC

Resumo

Um grande número de grupos de pesquisa dependem de recursos computacionais de alto desempenho para viabilizar a execução de suas aplicações científicas. Porém, as características dessas aplicações podem ser muito diferentes, exigindo recursos computacionais muito distintos. Entretanto, não existe uma metodologia formal para auxiliar pesquisadores a determinar a infraestrutura computacional adequada ao seu conjunto de aplicações. Este trabalho propõe uma metodologia que possibilite a avaliação, a aquisição e a manutenção de sistemas de computação de alto desempenho, que cumpram os requisitos das aplicações científicas e para validação da metodologia é proposto um estudo de caso para bioinformática.

Referências

Albayraktaroglu, K., Jaleel, A.,Wu, X., Franklin, M., Jacob, B., Tseng, C.-W., and Yeung, D. (2005). Biobench: A benchmark suite of bioinformatics applications. In Proceedings of the IEEE International Symposium on Performance Analysis of Systems and Software, 2005, ISPASS ’05, pages 2–9, Washington, DC, USA. IEEE Computer Society.

Cypher, R., Ho, A., Konstantinidou, S., and Messina, P. (1993). Architectural requirements of parallel scientific applications with explicit communication. SIGARCH Comput. Archit. News, 21(2):2–13.

Heroux, M. A. and Dongarra, J. (2013). Toward a New Metric for Ranking High Performance Computing Systems. SAND2013 - 4744.

Wagner, D., Mylander, W., and Sanders, T. (1999). Naval Operations Analysis. Naval Institute Press, Annapolis, Maryland, USA, 3rd edition.