Apoio computacional para análise quantitativa da expressão de genes envolvidos com a barreira de progressão do câncer
Resumo
Um dos maiores questionamentos envolvendo o estudo do genoma humano refere-se à investigação sobre a expressão de genes envolvidos com a formação do câncer. A Ontocancro 2.0 foi desenvolvida para auxiliar nesta tarefa e prover a integração de dados relacionados às vias dos mecanismos de manutenção do genoma (GMM). Aliado a ela há um algoritmo para análise estatística dos valores de atividade e diversidade relativa. O objetivo deste artigo é demonstrar como a Ontocancro pode comprovar quantitativamente os resultados obtidos por estudos que descrevem uma barreira de evolução do câncer em lesões pré-cancerosas.
Referências
Castro, M. A. A., Filho, J. L. R., Dalmolin, R. J. S., et al. (2009). ViaComplex: software for landscape analysis of gene expression networks in genomic context. Bioinformatics (Oxford, England), v. 25, n. 11, p. 1468–9.
Castro, M. A. A., Mombach, J. C. M., De Almeida, R. M. C. and Moreira, J. C. F. (2007). Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. Nucleic acids research, v. 35, n. 6, p. 1859–67.
Galamb, O., Spisák, S., Sipos, F., et al. (2010). Reversal of gene expression changes in the colorectal normal-adenoma pathway by NS398 selective COX2 inhibitor. British journal of cancer, v. 102, n. 4, p. 765–73.
GEO (2013). Gene Expression Omnibus. Disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Giordano, T. J., Au, A. Y. M., Kuick, R., et al. (2006). Delineation, functional validation, and bioinformatic evaluation of gene expression in thyroid follicular carcinomas with the PAX8-PPARG translocation. Clinical cancer research, v. 12, n. 7 Pt 1, p. 1983–93.
Giordano, T. J., Kuick, R., Else, T., et al. (2009). Molecular classification and prognostication of adrenocortical tumors by transcriptome profiling. Clinical cancer research, v. 15, n. 2, p. 668–76.
Gohlmann, H. and Talloen, W. (2009). Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays. New York: Chapman and Hall/CRC. p. 359
Gruber, T. R. (1993). Toward principles for the design of ontologies used for knowledge sharing. [N. Guarino & R. Poli, Eds.]In Formal ontology in conceptual analysis and knowledge representation. Kluwer Academic.
Halazonetis, T. D., Gorgoulis, V. G. and Bartek, J. (2008). An oncogene-induced DNA damage model for cancer development. Science (New York, N.Y.), v. 319, n. 5868, p. 1352–55.
Hiraoka, N., Yamazaki-Itoh, R., Ino, Y., et al. (2011). CXCL17 and ICAM2 are associated with a potential anti-tumor immune response in early intraepithelial stages of human pancreatic carcinogenesis. Gastroenterology, v. 140, n. 1, p. 310–21.
Hood, L.; Heath, J. R.; Phelps, M. E.; Lin, B. Systems Biology and New Technologies Enable Predictive and Preventative Medicine, Science, v.306, p. 640-43, 2004.
Librelotto, G. R., Mombach, J. C., Sinigaglia, M., et al. (2009). An Ontology to Integrate Transcriptomics and Interatomics Data Involved in Gene Pathways of Genome Stability. Springer Berlin Heidelberg. v. 5676p. 164–167
Loeb, L. A. (2001). A mutator phenotype in cancer. Cancer research, v. 61, n. 8, p. 3230–9.
Pereira, R. T. (2011). Desenvolvimento de uma Ferramenta para a Análise de Vias de Estabilidade Genômica.
Pereira, R. T. (2012). Utilizando a Ontocancro para traçar o perfil das vias de manutenção da estabilidade genômica. WIM 2012. Disponível em http://www.imago.ufpr.br/csbc2012/anais_csbc/eventos/wim/index.html.
Simão, É. M., Cabral, H. B., Castro, M. A. A., et al. (2010). Modeling the Human Genome Maintenance network. Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, v. 389, n. 19, p. 4188–4194.
Simão, É. M. (2012). Dinâmica da Transição Pré-Câncer para Câncer: Estudo da Expressão de Vias de Manutenção do Genoma. Universidade Federal de Santa Maria.
Watson, J. D. (1990). The human genome project: past, present, and future. Science (New York, N.Y.), v. 248, n. 4951, p. 44–9.
Castro, M. A. A., Mombach, J. C. M., De Almeida, R. M. C. and Moreira, J. C. F. (2007). Impaired expression of NER gene network in sporadic solid tumors. Nucleic acids research, v. 35, n. 6, p. 1859–67.
Galamb, O., Spisák, S., Sipos, F., et al. (2010). Reversal of gene expression changes in the colorectal normal-adenoma pathway by NS398 selective COX2 inhibitor. British journal of cancer, v. 102, n. 4, p. 765–73.
GEO (2013). Gene Expression Omnibus. Disponível em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Giordano, T. J., Au, A. Y. M., Kuick, R., et al. (2006). Delineation, functional validation, and bioinformatic evaluation of gene expression in thyroid follicular carcinomas with the PAX8-PPARG translocation. Clinical cancer research, v. 12, n. 7 Pt 1, p. 1983–93.
Giordano, T. J., Kuick, R., Else, T., et al. (2009). Molecular classification and prognostication of adrenocortical tumors by transcriptome profiling. Clinical cancer research, v. 15, n. 2, p. 668–76.
Gohlmann, H. and Talloen, W. (2009). Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays. New York: Chapman and Hall/CRC. p. 359
Gruber, T. R. (1993). Toward principles for the design of ontologies used for knowledge sharing. [N. Guarino & R. Poli, Eds.]In Formal ontology in conceptual analysis and knowledge representation. Kluwer Academic.
Halazonetis, T. D., Gorgoulis, V. G. and Bartek, J. (2008). An oncogene-induced DNA damage model for cancer development. Science (New York, N.Y.), v. 319, n. 5868, p. 1352–55.
Hiraoka, N., Yamazaki-Itoh, R., Ino, Y., et al. (2011). CXCL17 and ICAM2 are associated with a potential anti-tumor immune response in early intraepithelial stages of human pancreatic carcinogenesis. Gastroenterology, v. 140, n. 1, p. 310–21.
Hood, L.; Heath, J. R.; Phelps, M. E.; Lin, B. Systems Biology and New Technologies Enable Predictive and Preventative Medicine, Science, v.306, p. 640-43, 2004.
Librelotto, G. R., Mombach, J. C., Sinigaglia, M., et al. (2009). An Ontology to Integrate Transcriptomics and Interatomics Data Involved in Gene Pathways of Genome Stability. Springer Berlin Heidelberg. v. 5676p. 164–167
Loeb, L. A. (2001). A mutator phenotype in cancer. Cancer research, v. 61, n. 8, p. 3230–9.
Pereira, R. T. (2011). Desenvolvimento de uma Ferramenta para a Análise de Vias de Estabilidade Genômica.
Pereira, R. T. (2012). Utilizando a Ontocancro para traçar o perfil das vias de manutenção da estabilidade genômica. WIM 2012. Disponível em http://www.imago.ufpr.br/csbc2012/anais_csbc/eventos/wim/index.html.
Simão, É. M., Cabral, H. B., Castro, M. A. A., et al. (2010). Modeling the Human Genome Maintenance network. Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, v. 389, n. 19, p. 4188–4194.
Simão, É. M. (2012). Dinâmica da Transição Pré-Câncer para Câncer: Estudo da Expressão de Vias de Manutenção do Genoma. Universidade Federal de Santa Maria.
Watson, J. D. (1990). The human genome project: past, present, and future. Science (New York, N.Y.), v. 248, n. 4951, p. 44–9.
Publicado
23/07/2013
Como Citar
NASCIMENTO, Karlise S.; BASTIANI, Ederson; SIMÃO, Éder; MOMBACH, José C. M.; LIBRELOTTO, Giovani R..
Apoio computacional para análise quantitativa da expressão de genes envolvidos com a barreira de progressão do câncer. In: BRAZILIAN E-SCIENCE WORKSHOP (BRESCI), 7. , 2013, Maceió.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2013
.
p. 1908-1918.
ISSN 2763-8774.
