Avaliação do uso eficiente de algoritmos paralelos de filogenia em supercomputadores

• Kary Ocaña LNCC
• Joice Alves LNCC
• Micaella Coelho LNCC
• Marcelo Galheigo LNCC
• Carla Osthoff LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/bresci.2018.3278

Resumo

Ambientes de processamento de alto desempenho (PAD) são requeridos pela bioinformática, em especial nas áreas de filogenia e evolução de organismos. O presente trabalho apresenta uma análise comportamental da ferramenta de filogenia RAxML em ambientes de PAD. O RAxML implementa paralelismo e distribuição de tarefas pelo uso de threads e bibliotecas MPI. As execuções foram realizadas nos clusters do supercomputador Santos Dumont (SDumont). Os resultados em termos de eficiência evidenciam que o impacto é gerado pela variação da configuração, acoplamento e uso do RAxML e do SDumont. Essa informação permitirá um melhor entendimento e uso eficiente desses ambientes especializados.

Referências

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