Método computacional baseado em workflow para contabilização da frequência de repetição de k-mers

• Fabrício Vilasbôas LNCC
• Carla Osthoff LNCC
• Kary Ocaña LNCC
• Oswaldo Trelles Universidad de Málaga
• Ana Tereza Vasconcelos LNCC

DOI: https://doi.org/10.5753/bresci.2017.9925

Resumo

Este trabalho apresenta uma análise do desempenho do SCFRK, um algoritmo determinístico para uma aplicação de bioinformática computacionalmente intensiva, o k-mer, para uma arquitetura GPGPU em um ambiente de workflow científico. Nossos experimentos demonstram que o SCFRK é uma alternativa eficiente e de baixo custo para a contabilização de k-mers para análises em metagenoma.

Referências

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