Um Algoritmo Exato em clusters de GPUs para o Hitting Set Aplicado à Inferência de Redes de Regulação Gênica

  • Danilo Carastan dos Santos UFABC
  • Luiz Carlos da Silva Rozante UFABC

Resumo


Propomos um algoritmo para resolver o problema do Hitting Set (HSP), adequado para aplicações de inferência de GRNs, introduzindo inovações nas estruturas de dados e um mecanismo de ordenação que permite um descarte eficiente de candidatos que não são solução. Foram providas implementações em CPU multi-core e em clusters (homogêneos e heterogêneos) de GPU. Resultados experimentais mostraram que as otimizações ofereceram ganhos de desempenho individuais significativos e alta escalabilidade com o aumento do número de GPUs. A conjunção desses ganhos resultou em speedups acima de 60 para a parte paralela do algoritmo. Publicamos dois artigos: um em congresso (Qualis CC A1) e outro em periódico (Qualis CC A2).

Referências

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Publicado
04/07/2016
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DOS SANTOS, Danilo Carastan; ROZANTE, Luiz Carlos da Silva. Um Algoritmo Exato em clusters de GPUs para o Hitting Set Aplicado à Inferência de Redes de Regulação Gênica. In: CONCURSO DE TESES E DISSERTAÇÕES (CTD), 29. , 2016, Porto Alegre. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2016 . p. 37-42. ISSN 2763-8820. DOI: https://doi.org/10.5753/ctd.2016.9136.