Desempenho de Workflows Multithreading no Supercomputador SDumont em Experimentos de RNA-Seq

  • Lucas Cruz CEFET/RJ
  • Micaella Coelho CEFET/RJ
  • Luiz Gadelha LNCC
  • Kary Ocaña LNCC
  • Carla Osthoff LNCC
DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2020.14520

Resumo


Este artigo apresenta uma análise comparativa de desempenho do workflow científico ParslRNA-Seq, sobre a parametrização multithreading do Parsl e do Bowtie, respectivamente. A fim de garantir o uso racional e alocação eficiente dos recursos computacionais no Supercomputador Santos Dumont.
Palavras-chave: Avaliação, Medição e Predição de Desempenho, Aplicações em Agricultura, Biologia, Engenharia, Física, Matemática, Medicina, Mercado Financeiro, Nanociências, Óleo e Gás, Química e outras áreas

Referências

Cruz, L., Coelho, M., Gadelha, L., Ocaña, K., and Osthoff, C. (2020). Avaliação de desempenho de um workflow cientı́fico para experimentos de rna-seq no supercomputador santos dumont. In Workshop de Iniciação Cientı́fica do XXI Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho. (Aceito em processo de publicação).
Publicado
30/11/2020
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CRUZ, Lucas; COELHO, Micaella; GADELHA, Luiz; OCAÑA, Kary; OSTHOFF, Carla . Desempenho de Workflows Multithreading no Supercomputador SDumont em Experimentos de RNA-Seq. In: ESCOLA REGIONAL DE ALTO DESEMPENHO DO RIO DE JANEIRO (ERAD-RJ), 6. , 2020, Evento Online. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2020 . p. 54-56. DOI: https://doi.org/10.5753/eradrj.2020.14520.