Reprodutibilidade de experimentos com uso de conteinerização
Resumo
Cada vez mais áreas do conhecimento podem tirar proveito de experimentos computacionais para formular e comprovar teorias. Assim, a reprodutibilidade destes experimentos passa a ser um requisito central do processo científico, uma vez que permite validar ou refutar as afirmações feitas em uma publicação. Neste contexto, no presente artigo discute-se a questão da reprodutibilidade de experimentos e propõe-se uma abordagem baseada em contêineres Docker e na ferramenta Spack, ambos projetos de código aberto, para garantir a replicação de ambientes de execução de experimentos.
Palavras-chave:
reprodutibilidade de experimentos, computação em nuvem, conteinerização
Referências
L. Badger, R. Patt-Corner e J. Voas, "Draft Cloud Computing Synopsis and Recommendations of the National Institute of Standards and Technology", Special Publication 800-146 NIST, May 2011.
H. Bossel, "Modeling and Simulation". CRC Press, 1994. DOI:10.1201/9781315275574.
P. Ivie e D. Thain. "Reproducibility in Scientific Computing". ACM Comput. Surv. 51, 3, Article 63, 2018. DOI:10.1145/3186266.
Nature, "Reality Check on Reproducibility". Nature. 2016 May 26; 533(7604):437. DOI: 10.1038/533437a.
J. Freire, N. Fuhr e A. Rauber, "Reproducibility of Data-Oriented Experiments in E-Science", Dagstuhl Reports, Vol. 6, Issue 1, pp. 108-159, Schloss Dagstuhlleibniz-Zentrum Fuer Informatik, 2016.
F. Chirigati, D. Shasha e J. Freire, "Reprozip: Using provenance to support computational reproducibility", in 5th USENIX Workshop on the Theory and Practice of Provenance (TaPP 13), 2013.
P. Di Tommaso, M. Chatzou e E. Floden, "Nextflow enables reproducible computational workflows". Nature Biotechnology 35, 316-319, 2017. DOI: 10.1038/nbt.3820.
OCCAM. Disponível em: https://occam.cs.pitt.edu/.
Red Hat. "Containers x Máquinas Virtuais". Disponível em: https://www.redhat.com/pt-br/topics/containers/containers-vs-vms. Acesso em: 20 de set. de 2021.
Spack. "About Spack". Disponível em: https://spack.io/about/. Acesso em: 20 de set. de 2021.
Carvalho, Souza, "Um Modelo para Disponibilização de Pesquisas Computacionais e seus Artefatos em Contêineres de Software em Nuvem". Dissertação de Mestrado. UFPE, 2017.
Spack. "Container images". Disponível em: https://spack.readthedocs.io/en/latest/containers.html. Acesso em: 20 de set. de 2021.
H. Bossel, "Modeling and Simulation". CRC Press, 1994. DOI:10.1201/9781315275574.
P. Ivie e D. Thain. "Reproducibility in Scientific Computing". ACM Comput. Surv. 51, 3, Article 63, 2018. DOI:10.1145/3186266.
Nature, "Reality Check on Reproducibility". Nature. 2016 May 26; 533(7604):437. DOI: 10.1038/533437a.
J. Freire, N. Fuhr e A. Rauber, "Reproducibility of Data-Oriented Experiments in E-Science", Dagstuhl Reports, Vol. 6, Issue 1, pp. 108-159, Schloss Dagstuhlleibniz-Zentrum Fuer Informatik, 2016.
F. Chirigati, D. Shasha e J. Freire, "Reprozip: Using provenance to support computational reproducibility", in 5th USENIX Workshop on the Theory and Practice of Provenance (TaPP 13), 2013.
P. Di Tommaso, M. Chatzou e E. Floden, "Nextflow enables reproducible computational workflows". Nature Biotechnology 35, 316-319, 2017. DOI: 10.1038/nbt.3820.
OCCAM. Disponível em: https://occam.cs.pitt.edu/.
Red Hat. "Containers x Máquinas Virtuais". Disponível em: https://www.redhat.com/pt-br/topics/containers/containers-vs-vms. Acesso em: 20 de set. de 2021.
Spack. "About Spack". Disponível em: https://spack.io/about/. Acesso em: 20 de set. de 2021.
Carvalho, Souza, "Um Modelo para Disponibilização de Pesquisas Computacionais e seus Artefatos em Contêineres de Software em Nuvem". Dissertação de Mestrado. UFPE, 2017.
Spack. "Container images". Disponível em: https://spack.readthedocs.io/en/latest/containers.html. Acesso em: 20 de set. de 2021.
Publicado
13/10/2021
Como Citar
NOMELINI, Gustavo Lopes; GALANTE, Guilherme.
Reprodutibilidade de experimentos com uso de conteinerização. In: CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE SOFTWARE LIVRE E TECNOLOGIAS ABERTAS (LATINOWARE), 18. , 2021, Online.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2021
.
p. 134-137.
DOI: https://doi.org/10.5753/latinoware.2021.19919.
