Implementação de dinâmica molecular em uma rede de transputers

  • Gonzalo Travieso USP
  • Jan F. W. Slaets USP

Resumo

Apresentamos neste artigo uma implementação de simulação de dinâmica molecular de partículas de Lennard-Jones em um sistema de processamento paralelo constituído por uma rede de transputers. Mostramos que o tempo de processamento cresce de forma aproximadamente linear com o número de partículas, e decai também de forma aproximadamente linear com o número de processadores.

Referências

Abraham, F. F. Computation statistical mechanics - metodology, properties and supercomputing. Advances in Physics, v. 35, n. 1, p. 1-111, 1986.

Allen, M. P. and Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids. Claredon Press-Oxford. 1987.

Andersen, H. C. Rattle: a "velocity" version of the shake algorithm for molecular dynamics calculations. Journal of Computational Physics, n. 52, p. 24-34. 1983.

Bakker. A. F.: Bruin C.; van Dieren, F. and Hilhorst. H. J. Molecular dynamics of 16000 Lennard-Jones particles. Physics Letters, v. 93A. n. 2. 1982.

Bakker. A. F.: Gilmer. G.H.: Grabow, M. H. and Thompson. K. A special purpose computer for molecular dynamics calculations. Journal of Computational Physics. n. 90. p. 313-335. 1990.

Grest, G. S.: Dünweg. B. and Kremer. K. Vectorized link cell FORTRAN code for molecular dynamics simulations for a large number of particles. Computer Physics Communications. 1. 35. p. 269-285, 1989.

Hoover. W. G. Molecular dynamics. In Lecture Notes in Physics. Springer-Verlag. 1986.

Pratt. L. R. and Haan. S. W. Effects of periodic boundary conditions on equilibrium properties of computer simulated fluids. 1. Theory. Journal of Chemical Physics, v. 74. n. 3. 1981.

Rahman, A. Correlations in the motion of atoms in liquid argon. Physical Review, v. 136. n. 2A, p. A405-A411, oct. 1964.

Travieso. G. Estudo de processamento paralelo para dinâmica molecular. Dissertação (Mestrado em Física Aplicada). Instituto de Física e Química de São Carlos. Universidade de São Paulo. mar. 1989.

Verlet. L. Computer experiments on classical fluids: I. thermodynamical properties of Lennard-Jone molecules. Physical Review, v. 159, n. 1, p. 98-103, july 1967.
Publicado
1992-10-26
Como Citar
TRAVIESO, Gonzalo; SLAETS, Jan F. W.. Implementação de dinâmica molecular em uma rede de transputers. Anais do International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing (SBAC-PAD), [S.l.], p. 27-35, out. 1992. ISSN 0000-0000. Disponível em: <https://sol.sbc.org.br/index.php/sbac-pad/article/view/22700>. Acesso em: 14 maio 2024. doi: https://doi.org/10.5753/sbac-pad.1992.22700.