MusteR - Sistema de Mineração de Contatos em Complexos Proteína-Ligantes

• Welington Gonçalves Silva UNIFEI
• Cláudio Guimarães Matos Júnior UNIFEI
• Wandré Nunes de Pinho Veloso UNIFEI
• João Paulo Roquim Romanelli UNIFEI
• Carlos Henrique da Silveira UNIFEI

DOI: https://doi.org/10.5753/sbcas_estendido.2023.231154

Resumo

A pandemia de COVID-19 mostrou quão alta é a demanda por ferramentas computacionais que auxiliem no processo de descoberta de novos fármacos. Nesse contexto, a análise de como ligantes se interagem com um alvo biomolecular tem se mostrado valiosa na indicação de compostos com maior potencial farmacológico. Para tanto, propõe-se MusteR, uma ferramenta web de mineração de padrões de contatos entre complexos proteína-ligante, pela densidade de empacotamentos atômicos. Será demonstrado seu uso na caracterização do complexo entre o fármaco Boceprevir e a protease Mpro, um importante alvo terapêutico na pesquisa por antivirais contra o SARS-CoV-2.

Referências

Araujo, B. M., & da Silveira, C. H. (2019a). GAPIN: uma Ferramenta para Visualização e Análise de Redes de Interações Atômicas Intermoleculares [UFMG]. [link].

Araújo, B. M., Coelho, A. L., Silveira, S. A., Romanelli, J. P. R., de Melo-Minardi, R. C., & da Silveira, C. H. (2019b). GAPIN: Grouped and Aligned Protein Interface Networks. In bioRxiv (p. 520833). https://doi.org/https://doi.org/10.1101/520833

Baker, B. M., & Murphy, K. P. (1997). Dissecting the energetics of a protein-protein interaction: the binding of ovomucoid third domain to elastase. Journal of Molecular Biology, 268(2), 557–569. https://doi.org/10.1006/jmbi.1997.0977

Chang W, Cheng J, Allaire J, Sievert C, Schloerke B, Xie Y, Allen J, McPherson J, Dipert A, Borges B (2023). shiny: Web Application Framework for R. R package version 1.7.4.9002, https://shiny.rstudio.com/

Rego, N., & Koes, D. (2015). 3Dmol.js: Molecular visualization with WebGL. Bioinformatics, 31(8), 1322–1324. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu829

Rocha, R. E. O., Chaves, E. J. F., Fischer, P. H. C., Costa, L. S. C., Barden, G. I., Cruz, L. E. G., Guedes, F. C., Silveira, C. H. da, Scotti, M. T., Camargo, A. D., Machado, K. S., Werhli, A. V, Ferreira, R., Rocha, G., & De Lima, L. H. F. (2021). A higher flexibility at the SARS-CoV-2 main protease active site compared to SARS-CoV and its potentialities for new inhibitor virtual screening targeting multi-conformers. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 0(0), 1–22. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1924271

Shaker, B., Ahmad, S., Lee, J., Jung, C., & Na, D. (2021). In silico methods and tools for drug discovery. Computers in Biology and Medicine, 137(July), 104851. https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2021.104851

Su W, Johnston B (2023). r3dmol: Create Interactive 3D Visualizations of Molecular Data. R package version 0.2.0, https://github.com/swsoyee/r3dmol