PA-Star-Web: web server para obtenção do alinhamento múltiplo ótimo de sequências biológicas

  • Enéias Paulo de Oliveira IFB
  • Daniel Sundfeld UnB

Resumo


A comparação de sequências é uma das operações mais importantes da Bioinformática. Ao se comparar múltiplas sequências, o problema torna-se complexo e exige uma alta quantidade de memória e tempo computacional. O PA-Star é uma ferramenta que obtém o alinhamento múltiplo ótimo de múltiplas sequências. No entanto, essa ferramenta produz resultados exclusivamente através da linha de comando. Neste trabalho, propomos um web server para disponibilizar o acesso aos resultados com um navegador web. O web server foi planejado para ser implementado em múltiplas máquinas virtuais em um provedor de computação em nuvem e que podem ser aumentadas para se ajustar a demanda de trabalho.

Referências

Havgaard, J. H., Lyngsø, R. B., and Gorodkin, J. (2005). The foldalign web server for pairwise structural rna alignment and mutual motif search. Nucleic acids research, 33:W650–W653.

Lee, B. D., Timony, M. A., and Ruiz, P. (2019). DNAvisualization.org: a serverless web tool for DNA sequence visualization. Nucleic Acids Research, 47(W1):W20–W25.

Li, D., Hsu, S., Purushotham, D., Sears, R. L., and Wang, T. (2019). WashU Epigenome Browser update 2019. Nucleic Acids Research, 47(W1):W158–W165.

Passaro, M., Martinovic, M., Bevilacqua, V., Hershberg, E. A., Rossetti, G., Beliveau, B. J., Bonnal, R. J. P., and Pagani, M. (2020). OligoMinerApp: a web-server application for the design of genome-scale oligonucleotide in situ hybridization probes through the flexible OligoMiner environment. Nucleic Acids Research, 48(W1):W332–W339.

Sundfeld, D., Razzolini, C., Teodoro, G., Boukerche, A., and Melo, A. C. M. A. (2018). Pa-star: A disk-assisted parallel a-star strategy with locality-sensitive hash for multiple sequence alignment. Journal of Parallel and Distributed Computing, 112:154–165.

Xu, L., Dong, Z., Fang, L., Luo, Y., Wei, Z., Guo, H., Zhang, G., Gu, Y. Q., Coleman-Derr, D., Xia, Q., and Wang, Y. (2019). OrthoVenn2: a web server for whole-genome comparison and annotation of orthologous clusters across multiple species. Nucleic Acids Research, 47(W1):W52–W58.
Publicado
25/10/2022
DE OLIVEIRA, Enéias Paulo; SUNDFELD, Daniel. PA-Star-Web: web server para obtenção do alinhamento múltiplo ótimo de sequências biológicas. In: ESCOLA REGIONAL DE INFORMÁTICA DE GOIÁS (ERI-GO), 10. , 2022, Goiás. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2022 . p. 189-192. DOI: https://doi.org/10.5753/erigo.2022.227676.