Aplicação Web de Processamento, Clustering e Visualização de Grafos de Genes de Workflows Científicos

  • Alexandre A. P. Heine Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-Rio)
  • Eduardo P. S. Santos Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)
  • Marcelo F. Lima Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)
  • Sérgio Lifschitz Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-Rio) https://orcid.org/0000-0003-3073-3734

Resumo


Este trabalho propõe uma aplicação web de apoio a dados provenientes de workflows científicos de genes diferencialmente expressos (DEGs) que envolvem análises de sequenciamento de RNA. Assim, procura-se contribuir com formas de manuseio desses dados, permitindo a formação de um grafo de genes, por meio de dados de interação de genes, assim como a criação de subgrafos e clusters representativos, utilizando-se de informações obtidas de dados armazenados em arquivos de string. Esses arquivos são processados conforme são realizados novos pedidos na aplicação e, então, armazenados em um banco de dados relacional, possibilitando a pesquisadores visualizarem e manusearem grafos de genes para seus estudos.
Palavras-chave: bioinformática, pré-processamento, clusterização, grafos, visualização

Referências

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Publicado
04/10/2021
HEINE, Alexandre A. P.; SANTOS, Eduardo P. S.; LIMA, Marcelo F.; LIFSCHITZ, Sérgio. Aplicação Web de Processamento, Clustering e Visualização de Grafos de Genes de Workflows Científicos. In: WORKSHOP DE TRABALHOS DE ALUNOS DA GRADUAÇÃO (WTAG) - SIMPÓSIO BRASILEIRO DE BANCO DE DADOS (SBBD), 36. , 2021, Rio de Janeiro. Anais [...]. Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação, 2021 . p. 56-62. DOI: https://doi.org/10.5753/sbbd_estendido.2021.18163.