Integração de Dados Abertos em Saúde com o modelo OBDA: Um Estudo de Caso na Área de Cirurgia Bariátrica
Abstract
With the increasing availability of open health data on the Datasus portal, several opportunities for studies arise in order to generate information to support decision-making and the elaboration of health actions. A challenge for computer systems is to run queries in different data sources, requiring the implementation of a solution capable of handling the semantic differences of the data. This research describes a case study of open data integration in health through OBDA (Ontology Based Data Access) tools, using an ontology in the field of bariatric surgery as a conceptual layer over the data sources. The main motivation of the research is to present and discuss the use of ODBA tools through a practical experiment in DATASUS open data integration.References
ABESO (2016). Diretrizes brasileiras de obesidade. [link]. Acessado em: 15-12-2021.
Alkhamisi, A. and Saleh, M. E. (2020). Ontology opportunities and challenges: Discussions from semantic data integration perspectives. 2020 6th Conference on Data Science and Machine Learning Applications (CDMA), pages 134-140.
Brasil (2020). Ministério da Saúde. Secretaria-Executiva. Departamento de Informática do SUS. Estratégia de Saúde Digital para o Brasil 2020-2028. http://bvsms.saude.gov.br/bvs/publicacoes/estrategia saude digital Brasil.pdf.
Brasil (2022). Ministério da Saúde. Banco de dados do Sistema Único de Saúde-DATASUS. http://www.datasus.gov.br. Acessado em: 24-03-2022.
Calvanese, D., Cogrel, B., Komla-Ebri, S., Kontchakov, R., Lanti, D., Rezk, M., Rodriguez-Muro, M., and Xiao, G. (2017a). Ontop: Answering SPARQL queries over relational databases. Semantic Web, 8(3):471-487.
Calvanese, D., De Giacomo, G., Lembo, D., Lenzerini, M., and Rosati, R. (2017b). Ontology-Based Data Access and Integration, pages 1-7. Springer New York, New York, NY.
Ciriaco, D. L., Pessoa, A., Salvador, L., and Wassermann, R. (2020). Integração semântica das bases de dados do sistema único de saúde: Um estudo de caso com o município de são paulo. In da Silva Lemos, D. L., Sales, T. P., Campos, M. L. M., and Fiorini, S. R., editors, Proceedings of the XIII Seminar on Ontology Research in Brazil and IV Doctoral and Masters Consortium on Ontologies (ONTOBRAS 2020), volume 2728 of CEUR Workshop Proceedings, pages 61-74. CEUR-WS.org.
da Cruz, M. M., Avila, C., Vidal, V. M., and Junior, N. A. (2019). Semanticsus: Um portal semântico baseado em ontologias e dados interligados para acesso, integração e visualização de dados do sus. In Anais Estendidos do XIX Simpósio Brasileiro de Computação Aplicada à Saúde, pages 13-18, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Fathy, N., Gad, W., and Badr, N. (2019). A unified access to heterogeneous big data through ontology-based semantic integration. pages 387-392.
Freitas, A. L. S., Freitas, A. L. S., and Teixeira, H. M. P. (2019). Sistema de alerta baseado em ontologia para lousa eletrônica em um hospital público. Revista Brasileira de Computação Aplicada, 11(3):99-109.
Gruber, T. R. (1993). Towards Principles for the Design of Ontologies Used for Knowledge Sharing. In Guarino, N. and Poli, R., editors, Formal Ontology in Conceptual Analysis and Knowledge Representation, Deventer, The Netherlands. Kluwer Academic Publishers.
Guarino, N., Oberle, D., and Staab, S. (2009). What is an ontology? In Handbook on Ontologies.
Nunes, G. M. O. (2021). Multionto: Método de construção de ontologia considerando heterogeneidade de fontes e tipos de conhecimentos um estudo de caso sobre cirurgia bariátrica. Dissertação de mestrado, Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Nunes, G. M. O. and Berardi, R. C. G. (2020). Ontological model for decision support about bariatric surgery. In da Silva Lemos, D. L., Sales, T. P., Campos, M. L. M., and Fiorini, S. R., editors, Proceedings of the XIII Seminar on Ontology Research in Brazil and IV Doctoral and Masters Consortium on Ontologies (ONTOBRAS 2020), volume 2728 of CEUR Workshop Proceedings, pages 280-285. CEURWS.org.
Silva, J. E. C., Tonon, M. M., and Teixeira, H. M. P. (2021). Aquisição e representação do conhecimento científico sobre cirurgia bariátrica fase 1. In 30o Encontro Anual de Iniciação Científica (EAIC), Maringá, Brasil.
Studer, R., Benjamins, V. R., and Fensel, D. (1998). Knowledge engineering: principles and methods. Data and knowledge engineering, 25(1):161-198.
Xiao, G., Hovland, D., Bilidas, D., Rezk, M., G. M., and Calvanese, D. (2018). Efficient ontology-based data integration with canonical iris. In European Semantic Web Conference, pages 697-713. Springer.
Zhang, H., Guo, Y., Li, Q., George, T. J., Shenkman, E., Modave, F., and Bian, J. (2018). An ontologyguided semantic data integration framework to support integrative data analysis of cancer survival. BMC Medical Informatics Decis. Mak., 18(S-2):129-147.
Alkhamisi, A. and Saleh, M. E. (2020). Ontology opportunities and challenges: Discussions from semantic data integration perspectives. 2020 6th Conference on Data Science and Machine Learning Applications (CDMA), pages 134-140.
Brasil (2020). Ministério da Saúde. Secretaria-Executiva. Departamento de Informática do SUS. Estratégia de Saúde Digital para o Brasil 2020-2028. http://bvsms.saude.gov.br/bvs/publicacoes/estrategia saude digital Brasil.pdf.
Brasil (2022). Ministério da Saúde. Banco de dados do Sistema Único de Saúde-DATASUS. http://www.datasus.gov.br. Acessado em: 24-03-2022.
Calvanese, D., Cogrel, B., Komla-Ebri, S., Kontchakov, R., Lanti, D., Rezk, M., Rodriguez-Muro, M., and Xiao, G. (2017a). Ontop: Answering SPARQL queries over relational databases. Semantic Web, 8(3):471-487.
Calvanese, D., De Giacomo, G., Lembo, D., Lenzerini, M., and Rosati, R. (2017b). Ontology-Based Data Access and Integration, pages 1-7. Springer New York, New York, NY.
Ciriaco, D. L., Pessoa, A., Salvador, L., and Wassermann, R. (2020). Integração semântica das bases de dados do sistema único de saúde: Um estudo de caso com o município de são paulo. In da Silva Lemos, D. L., Sales, T. P., Campos, M. L. M., and Fiorini, S. R., editors, Proceedings of the XIII Seminar on Ontology Research in Brazil and IV Doctoral and Masters Consortium on Ontologies (ONTOBRAS 2020), volume 2728 of CEUR Workshop Proceedings, pages 61-74. CEUR-WS.org.
da Cruz, M. M., Avila, C., Vidal, V. M., and Junior, N. A. (2019). Semanticsus: Um portal semântico baseado em ontologias e dados interligados para acesso, integração e visualização de dados do sus. In Anais Estendidos do XIX Simpósio Brasileiro de Computação Aplicada à Saúde, pages 13-18, Porto Alegre, RS, Brasil. SBC.
Fathy, N., Gad, W., and Badr, N. (2019). A unified access to heterogeneous big data through ontology-based semantic integration. pages 387-392.
Freitas, A. L. S., Freitas, A. L. S., and Teixeira, H. M. P. (2019). Sistema de alerta baseado em ontologia para lousa eletrônica em um hospital público. Revista Brasileira de Computação Aplicada, 11(3):99-109.
Gruber, T. R. (1993). Towards Principles for the Design of Ontologies Used for Knowledge Sharing. In Guarino, N. and Poli, R., editors, Formal Ontology in Conceptual Analysis and Knowledge Representation, Deventer, The Netherlands. Kluwer Academic Publishers.
Guarino, N., Oberle, D., and Staab, S. (2009). What is an ontology? In Handbook on Ontologies.
Nunes, G. M. O. (2021). Multionto: Método de construção de ontologia considerando heterogeneidade de fontes e tipos de conhecimentos um estudo de caso sobre cirurgia bariátrica. Dissertação de mestrado, Universidade Tecnológica Federal do Paraná.
Nunes, G. M. O. and Berardi, R. C. G. (2020). Ontological model for decision support about bariatric surgery. In da Silva Lemos, D. L., Sales, T. P., Campos, M. L. M., and Fiorini, S. R., editors, Proceedings of the XIII Seminar on Ontology Research in Brazil and IV Doctoral and Masters Consortium on Ontologies (ONTOBRAS 2020), volume 2728 of CEUR Workshop Proceedings, pages 280-285. CEURWS.org.
Silva, J. E. C., Tonon, M. M., and Teixeira, H. M. P. (2021). Aquisição e representação do conhecimento científico sobre cirurgia bariátrica fase 1. In 30o Encontro Anual de Iniciação Científica (EAIC), Maringá, Brasil.
Studer, R., Benjamins, V. R., and Fensel, D. (1998). Knowledge engineering: principles and methods. Data and knowledge engineering, 25(1):161-198.
Xiao, G., Hovland, D., Bilidas, D., Rezk, M., G. M., and Calvanese, D. (2018). Efficient ontology-based data integration with canonical iris. In European Semantic Web Conference, pages 697-713. Springer.
Zhang, H., Guo, Y., Li, Q., George, T. J., Shenkman, E., Modave, F., and Bian, J. (2018). An ontologyguided semantic data integration framework to support integrative data analysis of cancer survival. BMC Medical Informatics Decis. Mak., 18(S-2):129-147.
Published
2022-06-07
How to Cite
BISPO, Samuel L. B.; FUKACE, Vinícius K.; MAZUR, Ana Heloísa B.; PENTEADO, Raqueline R. M.; TEIXEIRA, Heloise M. P..
Integração de Dados Abertos em Saúde com o modelo OBDA: Um Estudo de Caso na Área de Cirurgia Bariátrica. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON COMPUTING APPLIED TO HEALTH (SBCAS), 22. , 2022, Teresina.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2022
.
p. 401-412.
ISSN 2763-8952.
DOI: https://doi.org/10.5753/sbcas.2022.222720.
