Mapeamento de Laudos Médicos de Endoscopia Digestiva Alta Apoiados por Ontologias
Resumo
Em ambientes médicos, informações a respeito de dados clínicos de pacientes são frequentemente descritas no formato de laudos textuais. Para analisar essas informações por processos computacionais devem ser transformados para um formato estruturado. Nesse contexto, elaborou-se um método para o mapeamento de laudos para esse formato, o qual foi ampliado pela representação do conhecimento por meio de ontologias. Neste trabalho, esse método foi aplicado inicialmente em 609 laudos de exames de Endoscopia Digestiva Alta. A ontologia construída nesse processo foi utilizada, posteriormente, para mapear outros 3647 laudos. Com base nos resultados, observou-se 85,824% de eficiência de preenchimento das informações contidas nos laudos.Referências
Bodenreider, O. and Burgun, A. (2005). Biomedical ontologies. In Chen, H., Fuller, S. S., Friedman, C., and Hersh, W., editors, Medical Informatics, chapter 8, pages 211–236. Springer.
Carvalheira, L. C. D. C. (2007). Método semi-automático de construção de ontologias parciais de domínio com base em textos. Master’s thesis, Escola Politécnica da Universidade de São Paulo, São Paulo, SP.
Cherman, E. A., Spolaôr, N., Lee, H. D., Costa, L. H. D., Fagundes, J. J., Coy, C. S. R., and Wu, F. C. (2008). Metodologia de mapeamento computacional de informações médicas: Aplicação em laudos de coloscopia e manometria anorretal. Revista Brasileira de Coloproctologia, 57o Congresso Brasileiro de Coloproctologia, 29:42–42.
Chute, C. G. (2005). Medical concept representation. In Chen, H., Fuller, S. S., Friedman, C., and Hersh, W., editors, Medical Informatics, chapter 6, pages 163–182. Springer.
Friedman, C. and Johnson, S. B. (2006). Natural language and text processing in biomedicine. In Shortliffe, E. H. and Cimino, J. J., editors, Biomedical Informatics, chapter 2, pages 312–343. Springer.
Gruber, T. R. (1993). Toward principles for the design of ontologies used for knowledge sharing. Formal Ontology in Conceptual Analysis and Knowledge Representation.
Han, J. and Kamber, M. (2006). Data Mining: Concepts and Techniques, chapter 10.4 Text Mining. Morgan Kaufmann.
Honorato, D. D. F., Cherman, E. A., Lee, H. D., Monard, M. C., and Wu, F. C. (2008). Construction of an attribute-value representation for semi-structured medical findings knowledge extraction. CLEI Electronic Journal, 11(2):1–12.
Honorato, D. D. F., Lee, H. D., Monard, M. C., Wu, F. C., Machado, R. B., Neto, A. P., and Ferrero, C. A. (2005). Uma metodologia para auxiliar no processo de construção de bases de dados estruturadas a partir de laudos médicos. In Anais do Encontro Nacional de Inteligência Artificial, pages 593–601, São Leopoldo, RS, Brasil.
Honorato, D. D. F., Monard, M. C., Lee, H. D., Neto, A. P., and Wu, F. C. (2009). Avaliação de um método de mapeamento de laudos médicos para uma representação estruturada: estudo de caso com laudos de endoscopia digestiva alta. In Anais do IX Workshop de Informática Médica (WIM), XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC), pages 1–10, Bento Gonçalves, RS, Brasil.
Lee, H. D. (2005). Seleção de atributos importantes para a extração de conhecimento de bases de dados. Tese de doutorado, ICMC-USP, São Carlos, SP, Brasil.
McGuinness, D. L. and van Harmelen, F. (2004). OWL Web Ontology Language Overview. Disponível em: [link]. Acesso em: 20 jul 09.
Revere, D. and Fuller, S. S. (2005). Characterizing biomedical concept relationships. In Chen, H., Fuller, S. S., Friedman, C., and Hersh, W., editors, Medical Informatics, chapter 7, pages 183–210. Springer.
Rezende, S. O. (2003). Sistemas Inteligentes - Fundamentos e Aplicações. Manole, Barueri-SP, Brasil, 1 edition.
Shortliffe, E. H. and Barnett, G. O. (2006). Biomedical data: Their acquisition, storage, and use. In Shortliffe, E. H. and Cimino, J. J., editors, Biomedical Informatics, chapter 2, pages 46–79. Springer.
Uschold, M. and Gruninger, M. (1996). Ontologies: principles, methods and applications. Knowledge Engineering Review, 11:93–155.
Carvalheira, L. C. D. C. (2007). Método semi-automático de construção de ontologias parciais de domínio com base em textos. Master’s thesis, Escola Politécnica da Universidade de São Paulo, São Paulo, SP.
Cherman, E. A., Spolaôr, N., Lee, H. D., Costa, L. H. D., Fagundes, J. J., Coy, C. S. R., and Wu, F. C. (2008). Metodologia de mapeamento computacional de informações médicas: Aplicação em laudos de coloscopia e manometria anorretal. Revista Brasileira de Coloproctologia, 57o Congresso Brasileiro de Coloproctologia, 29:42–42.
Chute, C. G. (2005). Medical concept representation. In Chen, H., Fuller, S. S., Friedman, C., and Hersh, W., editors, Medical Informatics, chapter 6, pages 163–182. Springer.
Friedman, C. and Johnson, S. B. (2006). Natural language and text processing in biomedicine. In Shortliffe, E. H. and Cimino, J. J., editors, Biomedical Informatics, chapter 2, pages 312–343. Springer.
Gruber, T. R. (1993). Toward principles for the design of ontologies used for knowledge sharing. Formal Ontology in Conceptual Analysis and Knowledge Representation.
Han, J. and Kamber, M. (2006). Data Mining: Concepts and Techniques, chapter 10.4 Text Mining. Morgan Kaufmann.
Honorato, D. D. F., Cherman, E. A., Lee, H. D., Monard, M. C., and Wu, F. C. (2008). Construction of an attribute-value representation for semi-structured medical findings knowledge extraction. CLEI Electronic Journal, 11(2):1–12.
Honorato, D. D. F., Lee, H. D., Monard, M. C., Wu, F. C., Machado, R. B., Neto, A. P., and Ferrero, C. A. (2005). Uma metodologia para auxiliar no processo de construção de bases de dados estruturadas a partir de laudos médicos. In Anais do Encontro Nacional de Inteligência Artificial, pages 593–601, São Leopoldo, RS, Brasil.
Honorato, D. D. F., Monard, M. C., Lee, H. D., Neto, A. P., and Wu, F. C. (2009). Avaliação de um método de mapeamento de laudos médicos para uma representação estruturada: estudo de caso com laudos de endoscopia digestiva alta. In Anais do IX Workshop de Informática Médica (WIM), XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC), pages 1–10, Bento Gonçalves, RS, Brasil.
Lee, H. D. (2005). Seleção de atributos importantes para a extração de conhecimento de bases de dados. Tese de doutorado, ICMC-USP, São Carlos, SP, Brasil.
McGuinness, D. L. and van Harmelen, F. (2004). OWL Web Ontology Language Overview. Disponível em: [link]. Acesso em: 20 jul 09.
Revere, D. and Fuller, S. S. (2005). Characterizing biomedical concept relationships. In Chen, H., Fuller, S. S., Friedman, C., and Hersh, W., editors, Medical Informatics, chapter 7, pages 183–210. Springer.
Rezende, S. O. (2003). Sistemas Inteligentes - Fundamentos e Aplicações. Manole, Barueri-SP, Brasil, 1 edition.
Shortliffe, E. H. and Barnett, G. O. (2006). Biomedical data: Their acquisition, storage, and use. In Shortliffe, E. H. and Cimino, J. J., editors, Biomedical Informatics, chapter 2, pages 46–79. Springer.
Uschold, M. and Gruninger, M. (1996). Ontologies: principles, methods and applications. Knowledge Engineering Review, 11:93–155.
Publicado
20/07/2010
Como Citar
COSTA, Luiz Henrique Dutra da; FERRERO, Carlos Andrés; LEE, Huei Diana; COY, Cláudio Saddy Rodrigues; FAGUNDES, João José; WU, Feng Chung.
Mapeamento de Laudos Médicos de Endoscopia Digestiva Alta Apoiados por Ontologias. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE COMPUTAÇÃO APLICADA À SAÚDE (SBCAS), 10. , 2010, Belo Horizonte/MG.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2010
.
p. 1479-1488.
ISSN 2763-8952.