A Study on the Mapping of Medical Reports from Upper Gastrointestinal Endoscopy and Colonoscopy for Knowledge Acquisition
Abstract
The Data Mining process may help specialists on decision making by applying patterns extraction techniques based on attribute-value tables. An automatic medical report information mapping method is being developed intending to reduce the necessary time of the process and to avoid possible subjectivity on the manual information mapping. This work presents a broad case study about this method using information from 100 colonoscopy medical reports and on 609 upper digestive endoscopy medical reports, from which 82% and 100% were, respectively, automatically mapped.References
H. D. Lee and M. C. Monard. Seleção de atributos para algoritmos de aprendizado de máquina supervisionado utilizando como filtro a dimensão fractal. Revista de La Sociedad Chilena de Ciencia de La Computación, pages 1–8, 2003.
D. D. F. Honorato, H. D. Lee, M. C. Monard, F. C. Wu, R. B. Machado, A. P. Neto, and C. A. Ferrero. Uma metodologia para auxiliar no processo de construção de bases de dados estruturadas a partir de laudos médicos. In Anais do Encontro Nacional de Inteligência Artificial, pages 593–601, São Leopoldo - RS, 2005.
H. D. Lee. Seleção de atributos importantes para a extração de conhecimento de bases de dados. Tese de Doutorado, Universidade de São Paulo, São Carlos, SP, 2005.
D. D. F. Honorato, E. A. Cherman, H. D. Lee, M. C. Monard, and F. Wu. Construção de uma representação atributo-valor para extração de conhecimento a partir de informações semi-estruturadas de laudos médicos. In Anais do Conferencia Latinoamericana de Informática, San José - Costa Rica, 2007.
U. M. Fayyad, G. Platestsky-Shapiro, and P. Smyth. From data mining to knowledge discovery: an overview. In American Association for Artificial Intelligence, pages 1–30, 1996.
D. Pyle. Data preparation for data mining. The Morgan Kaufmann, 1999.
I. H. Witten and E. Frank. Data Mining Practical Machine Learning Tools and Techniques. Elsevier, 2005.
S. O. Rezende. Sistemas Inteligentes - Fundamentos e Aplicações. Manole, 2003.
I. Muslea. Extraction patterns for information extraction tasks: A survey. In Proceedings of the AAAI-99 Workshop on Machine Learning for Information Extraction, Menlo Park, California, USA, 1999.
D. Bekhouche, Y. Pollet, B. Grilheres, and X. Denis. Architecture of a medical information extraction system. In Anais do 9th International Conference on Applications of Natural Language to Information Systems, pages 380–387, Salford, UK, 2004.
H. Harkema, I. Roberts, R. Gaizauskas, and M. Hepple. Information extraction from clinical records. In Anais do the 4th UK e-Science All Hands Meeting, Nottingham, UK, 2005.
R. K. Taira, S. G. Soderland, and R. M. Fakobovits. Automatic structuring of radiology free-text reports. Radiographics, 21:237–245, 2001.
X. Zhou, H. Han, I. Chankai, A. Prestrud, and A. Brooks. Approaches to text mining for clinical medical records. In Anais do SAC ’06: Proceedings of the 2006 ACM symposium on Applied computing, pages 235–239, New York, NY, USA, 2006. ACM Press.
C. A. Ferrero, H. D. Lee, F. C. Wu, R. B. Machado, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, and J. R. N. Góes. Um estudo de caso de construção de base de dados a partir de laudos médicos. In Anais do 13o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP , São Carlos - SP, 2005.
E. A. Cherman, H. D. Lee, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, J. R. N. Góes, C. S. R. Coy, and F. C. Wu. Metodologia de mapeamento de laudos médicos para bases de dados: Aplicação em laudos colonoscópicos. In Anais do II Congresso da Academia Trinacional de Ciências, pages 1–9, Foz do Iguaçu - PR, 2007.
N. Spolaôr, H. D. Lee, E. A. Cherman, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, J. R. N. Góes, C. S. R. Coy, and F. C. Wu. Um estudo de caso do mapeamento de laudos endoscópicos para bases de dados. In Anais do II Congresso da Academia Trinacional de Ciências, pages 1–10, Foz do Iguaçu - PR, 2007.
F. A. Quilici. Colonoscopia. Lemos Editorial, 2000.
F. Cordeiro. Endoscopia Digestiva. Editora Média e Científica Ltda., 1994.
R. S. Cotran, V. Kumar, and T. Collins. Patologia Estrutural e Funcional. Guanabara Koogan, 2000.
D. D. F. Honorato, H. D. Lee, M. C. Monard, F. C. Wu, R. B. Machado, A. P. Neto, and C. A. Ferrero. Uma metodologia para auxiliar no processo de construção de bases de dados estruturadas a partir de laudos médicos. In Anais do Encontro Nacional de Inteligência Artificial, pages 593–601, São Leopoldo - RS, 2005.
H. D. Lee. Seleção de atributos importantes para a extração de conhecimento de bases de dados. Tese de Doutorado, Universidade de São Paulo, São Carlos, SP, 2005.
D. D. F. Honorato, E. A. Cherman, H. D. Lee, M. C. Monard, and F. Wu. Construção de uma representação atributo-valor para extração de conhecimento a partir de informações semi-estruturadas de laudos médicos. In Anais do Conferencia Latinoamericana de Informática, San José - Costa Rica, 2007.
U. M. Fayyad, G. Platestsky-Shapiro, and P. Smyth. From data mining to knowledge discovery: an overview. In American Association for Artificial Intelligence, pages 1–30, 1996.
D. Pyle. Data preparation for data mining. The Morgan Kaufmann, 1999.
I. H. Witten and E. Frank. Data Mining Practical Machine Learning Tools and Techniques. Elsevier, 2005.
S. O. Rezende. Sistemas Inteligentes - Fundamentos e Aplicações. Manole, 2003.
I. Muslea. Extraction patterns for information extraction tasks: A survey. In Proceedings of the AAAI-99 Workshop on Machine Learning for Information Extraction, Menlo Park, California, USA, 1999.
D. Bekhouche, Y. Pollet, B. Grilheres, and X. Denis. Architecture of a medical information extraction system. In Anais do 9th International Conference on Applications of Natural Language to Information Systems, pages 380–387, Salford, UK, 2004.
H. Harkema, I. Roberts, R. Gaizauskas, and M. Hepple. Information extraction from clinical records. In Anais do the 4th UK e-Science All Hands Meeting, Nottingham, UK, 2005.
R. K. Taira, S. G. Soderland, and R. M. Fakobovits. Automatic structuring of radiology free-text reports. Radiographics, 21:237–245, 2001.
X. Zhou, H. Han, I. Chankai, A. Prestrud, and A. Brooks. Approaches to text mining for clinical medical records. In Anais do SAC ’06: Proceedings of the 2006 ACM symposium on Applied computing, pages 235–239, New York, NY, USA, 2006. ACM Press.
C. A. Ferrero, H. D. Lee, F. C. Wu, R. B. Machado, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, and J. R. N. Góes. Um estudo de caso de construção de base de dados a partir de laudos médicos. In Anais do 13o Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP , São Carlos - SP, 2005.
E. A. Cherman, H. D. Lee, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, J. R. N. Góes, C. S. R. Coy, and F. C. Wu. Metodologia de mapeamento de laudos médicos para bases de dados: Aplicação em laudos colonoscópicos. In Anais do II Congresso da Academia Trinacional de Ciências, pages 1–9, Foz do Iguaçu - PR, 2007.
N. Spolaôr, H. D. Lee, E. A. Cherman, D. D. F. Honorato, J. J. Fagundes, J. R. N. Góes, C. S. R. Coy, and F. C. Wu. Um estudo de caso do mapeamento de laudos endoscópicos para bases de dados. In Anais do II Congresso da Academia Trinacional de Ciências, pages 1–10, Foz do Iguaçu - PR, 2007.
F. A. Quilici. Colonoscopia. Lemos Editorial, 2000.
F. Cordeiro. Endoscopia Digestiva. Editora Média e Científica Ltda., 1994.
R. S. Cotran, V. Kumar, and T. Collins. Patologia Estrutural e Funcional. Guanabara Koogan, 2000.
Published
2008-07-12
How to Cite
CHERMAN, Everton Alvares; SPOLAÔR, Newton; LEE, Huei Diana; HONORATO, Daniel de Faveri; COY, Cláudio Sadi Rodrigues; FAGUNDES, João José; WU, Feng Chung.
A Study on the Mapping of Medical Reports from Upper Gastrointestinal Endoscopy and Colonoscopy for Knowledge Acquisition. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON COMPUTING APPLIED TO HEALTH (SBCAS), 8. , 2008, Belém/PA.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2008
.
p. 163-172.
ISSN 2763-8952.
