Guided Search for Bioinformatics Patents
Abstract
Recent researches have suggested that patents gather about 70% of world knowledge and offer more detailed information than scientific papers. However, patents are not wide used by academic community as reference sources, because of limitations on public search tools. The patent’s language is complex and that is harder on multidisciplinary fields, such as bioinformatics. Recent studies have indicated the use of classifications, linguistic artifacts and relevance feedback are important mechanisms to improve search results. This paper presents a classifier as a filter of a guided patent search system.
References
Baeza-Yates, R. and Ribeiro-Neto, B. (1999). Modern Information Retrieval. Addison Wesley.
Barbosa, D. B. (2003). Uma Introdução à Propriedade Intelectual. Lumen Juris, 2 edition.
Cortes, C. and Vapnik, V. (1995). Support-vector networks. Machine Learning, 20:273–297. 10.1007/BF00994018.
Eisinger, D., Wachter, T., Bundschus, M., Wieneke, U., and Schroeder, M. (2012). Analysis of mesh and ipc as a prerequisite for guided patent search. Bio-Ontologies 2012.
EPO (2011). European patent office. European Patent Office. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
FAPESP (2010). Indicadores de ciência, tecnologia e inovação em sp 2010. Technical report, FAPESP. Cap. 5: Atividade de patenteamento no Brasil e no exterior; Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
INPI (2011a). Instituto nacional de propriedade industrial. Combate ao backlog de patentes é prioridade no INPI. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
INPI (2011b). Instituto nacional de propriedade industrial. Instituto Nacional de Propriedade Industrial. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Joachims, T. (1998). Text categorization with suport vector machines: Learning with many relevant features. In Proceedings of the 10th European Conference on Machine Learning, ECML ’98, pages 137–142, London, UK, UK. Springer-Verlag.
Lupu, M., Mayer, K., Tait, J., and Trippe, A. J. (2011). Current Challenges in Patent Information Retrieval. Springer.
Mukherjea, S. and Bamba, B. (2004). Biopatentminer: an information retrieval system for biomedical patents. In VLDB ’04 Proceedings of the Thirtieth international conference on Very large data bases, volume 30, pages 1066 – 1077. Very Large Data Bases (VLDB) Endowment.
Park, H.-S. (2012). Preliminary study of bioinformatics patents and their classifications registered in the kipris database. Genomics & Informatics, pages 271–274.
Porter, M. F. (1997). An algorithm for suffix stripping. Readings in information retrieval, pages 313–316.
Reid, P. (2011). Obama’s call for innovation stifled by patent office backlog. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Rodriguez, V. (2010). The backlog issue in patents: A look at the european case. World Patent Information, 32(4):287–290.
Sousa, F. S., Mancini, F., Teixeira, F., Araujo, G. D., Nunes, F. L. S., and Pisa, I. T. (2012). Multirrotulação automática de páginas web de saúde: uma avaliação preliminar da percepção humana. XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012).
Tan, P.-N., Steinbach, M., and Kumar, V. (2006). Introduction to Data Mining. Addison-Wesley Longman Publishing Co., Inc., Boston, MA, USA.
Teixeira, F., Sousa, F. S., Araujo, G. D., Mancini, F., Araujo, L. V., and Pisa, I. T. (2012). Indexação de artigos científicos de informática em saúde por meio da competição de técnicas de extração de características. XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012).
USPTO (2005). Handbook of classification. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
USPTO (2012). Annual reports 2012. United States Trademark and Patent Office. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
WIPO (2010a). Ipc electronic forum project a019 bioinformatics. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
WIPO (2010b). Patent applications by country of origin and by office (1995-2009). Statistical Publication. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Barbosa, D. B. (2003). Uma Introdução à Propriedade Intelectual. Lumen Juris, 2 edition.
Cortes, C. and Vapnik, V. (1995). Support-vector networks. Machine Learning, 20:273–297. 10.1007/BF00994018.
Eisinger, D., Wachter, T., Bundschus, M., Wieneke, U., and Schroeder, M. (2012). Analysis of mesh and ipc as a prerequisite for guided patent search. Bio-Ontologies 2012.
EPO (2011). European patent office. European Patent Office. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
FAPESP (2010). Indicadores de ciência, tecnologia e inovação em sp 2010. Technical report, FAPESP. Cap. 5: Atividade de patenteamento no Brasil e no exterior; Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
INPI (2011a). Instituto nacional de propriedade industrial. Combate ao backlog de patentes é prioridade no INPI. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
INPI (2011b). Instituto nacional de propriedade industrial. Instituto Nacional de Propriedade Industrial. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Joachims, T. (1998). Text categorization with suport vector machines: Learning with many relevant features. In Proceedings of the 10th European Conference on Machine Learning, ECML ’98, pages 137–142, London, UK, UK. Springer-Verlag.
Lupu, M., Mayer, K., Tait, J., and Trippe, A. J. (2011). Current Challenges in Patent Information Retrieval. Springer.
Mukherjea, S. and Bamba, B. (2004). Biopatentminer: an information retrieval system for biomedical patents. In VLDB ’04 Proceedings of the Thirtieth international conference on Very large data bases, volume 30, pages 1066 – 1077. Very Large Data Bases (VLDB) Endowment.
Park, H.-S. (2012). Preliminary study of bioinformatics patents and their classifications registered in the kipris database. Genomics & Informatics, pages 271–274.
Porter, M. F. (1997). An algorithm for suffix stripping. Readings in information retrieval, pages 313–316.
Reid, P. (2011). Obama’s call for innovation stifled by patent office backlog. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Rodriguez, V. (2010). The backlog issue in patents: A look at the european case. World Patent Information, 32(4):287–290.
Sousa, F. S., Mancini, F., Teixeira, F., Araujo, G. D., Nunes, F. L. S., and Pisa, I. T. (2012). Multirrotulação automática de páginas web de saúde: uma avaliação preliminar da percepção humana. XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012).
Tan, P.-N., Steinbach, M., and Kumar, V. (2006). Introduction to Data Mining. Addison-Wesley Longman Publishing Co., Inc., Boston, MA, USA.
Teixeira, F., Sousa, F. S., Araujo, G. D., Mancini, F., Araujo, L. V., and Pisa, I. T. (2012). Indexação de artigos científicos de informática em saúde por meio da competição de técnicas de extração de características. XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012).
USPTO (2005). Handbook of classification. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
USPTO (2012). Annual reports 2012. United States Trademark and Patent Office. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
WIPO (2010a). Ipc electronic forum project a019 bioinformatics. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
WIPO (2010b). Patent applications by country of origin and by office (1995-2009). Statistical Publication. Acesso em: Março de 2013 Disponível em: [link].
Published
2013-07-23
How to Cite
DUTRA, Marcio Branquinho; CAMACHO-GUERRERO, José Antonio; BARANAUSKAS, José Augusto; MACEDO, Alessandra Alaniz.
Guided Search for Bioinformatics Patents. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON COMPUTING APPLIED TO HEALTH (SBCAS), 13. , 2013, Maceió/AL.
Anais [...].
Porto Alegre: Sociedade Brasileira de Computação,
2013
.
p. 1252-1261.
ISSN 2763-8952.
